Národní úložiště šedé literatury

Role klonální integrace v kompetici rostlin
Duchoslavová, Jana; Herben, Tomáš; Oborny, Beáta; Martínková, Jana
2024 - English Klonální růst umožňuje rostlinám replikovat kořenující jednotky (t.j. ramety), a přidává tak další hierarchickou úroveň k modularitě rostlinného těla. Klonální růst je velmi častý a vyskytuje se napříč celým fylogenetickým stromem krytosemenných rostlin. Jednotlivé formy klonálního růstu přinášejí rostlinám specifické sady klonálních vlastností, které určují jejich růst v různých podmínkách prostředí či v kompetici. Klonální integrace je jednou z důležitých klonálních vlastností související s řadou dalších funkcí klonality. Integrované ramety mohou translokovat zdroje a signální molekuly pomocí klonálních orgánů, jako jsou šlahouny, oddenky nebo kořeny. Integrace je zvláště důležitá pro mladé, vyvíjející se ramety, ale může přetrvat a vyrovnávat heterogenitu podmínek mezi vyvinutými rametami. Jak v raných, tak v pozdějších fázích vývoje může být klonální integrace důležitá v rostlinné kompetici. Experimentální studie ukázaly, že klonální integrace u některých druhů skutečně pomáhá jejich šíření do zápoje sousedních rostlin. Kompetice nad zemí a pod zemí se ale liší, což může mít vliv na translokaci uhlíku a živin. O tomto tématu se nicméně ví velmi málo. Výhody a nevýhody klonální integrace v různých podmínkách byly předpovídány pomocí teoretických modelů. Pozorované výhody klonální integrace se ale ukazují... Clonal growth enables plant to replicate rooting units (i.e. ramets), adding another hierarchical level to plant modularity. Clonal growth is very common, at least in the temperate flora, and widespread over the angiosperm phylogenetic tree. Different clonal growth forms have specific sets of clonal traits that determine their performance in response to environmental conditions and under competition. Clonal integration is one of the important clonal traits and is associated with a number of other clonal functions. Integrated ramets can translocate resources and signals by connecting clonal organs, such as horizontal stems or roots. Such integration is particularly important for young developing ramets, but it may persist and help developed ramets cope with environmental heterogeneity. Clonal integration at both early and later stages of ramet development may be an important factor affecting plant competition and has been shown to promote expansion into vegetated areas in some species. However, competition is complex and differs aboveground and belowground. Translocation of carbon and nutrients under competition may differ accordingly, but very little is known about this. The costs and benefits of clonal integration have been predicted by theoretical models. However, there is considerable variability in the... Keywords: klonální rostliny; fyziologická integrace; živiny; dusík; uhlík; translokace živin; heterogenita prostředí; kompetice; stabilní izotopy; pulzní značení; šlahouny; oddenky; ramety; klonální růstová forma; clonal plants; physiological integration; nutrients; nitrogen; carbon; resource translocation; environmental heterogeneity; competition; stable isotopes; pulse labelling; stolons; rhizomes; ramets; clonal growth form Available in a digital repository NRGL Role klonální integrace v kompetici rostlin

Klonální růst umožňuje rostlinám replikovat kořenující jednotky (t.j. ramety), a přidává tak další hierarchickou úroveň k modularitě rostlinného těla. Klonální růst je velmi častý a vyskytuje se ...

Duchoslavová, Jana; Herben, Tomáš; Oborny, Beáta; Martínková, Jana
Univerzita Karlova, 2024

Termodynamika prostoročasu: korekce z kvantové oblasti
Liška, Marek; Alonso Serrano, Ana; Chirco, Goffredo; Barceló, Carlos
2024 - English Tato práce zkoumá hluboký vztah mezi gravitací a termodynamikou. Zaměřuje se na představu, že gravitační dynamika je zakódována v podmínkách termodynamické rovnováhy aplikovaných na lokálně konstruované, na pozorovateli závislé kauzální horizonty. Na úrovni (semi)klasické gravitace jsme ukázali, že tento přístup vede k Weylově transversální gravitaci. Klasická řešení této gravitační teorie jsou stejná jako řešení obecné relativity, ale Weylova transversální gravitace má jiné lokální symetrie, což vede k jinému původu kosmologické konstanty. Jako užitečný výpočetní nástroj pro (semi)klasickou část práce jsme také vyvinuli kovariantní formalismus fázového prostoru pro Weylovu transversální gravitaci a identifikujeme odpovídající Waldovu entropii. Tento formalismus jsme také zobecnili na libovolné teorie gravitace se stejnou grupou symetrie. Navíc jsme zkoumali důsledky ekvivalence mezi gravitací a podmínkami lokální rovnováhy pro kvantovou gravitační dynamiku při nízkých energiích. Na linearizované úrovni jsme získali výsledek odpovídající kvadratické gravitaci. Mimo linearizovaný režim se však dynamika od kvadratické gravitace výrazně liší. Odvodili jsme rovnice pro gravitační dynamiku, které tento rozdíl zachycují, a prozkoumali jejich fyzikální důsledky na příkladu homogenních, izotropních kosmologií.... This thesis explores the deep relation between gravitational dynamics and thermodynamics. It focuses on the notion that the gravitational dynamics is encoded in the thermodynamic equilibrium conditions applied to locally constructed, observer-dependent causal horizons. At the level of the (semi)classical gravity, we show that this approach leads to Weyl transverse gravity. The classical solutions of this gravitational theory are the same as those of general relativity, but it has different local symmetries, which leads to a different origin of the cosmological constant. As a useful computational tool for the (semi)classical part of the thesis, we also develop covariant phase space formalism for Weyl transverse gravity and identify the corresponding Wald entropy. We also generalise the formalism to arbitrary gravitational theories with the same symmetry group. Moreover, we explore the implications of the equivalence between gravitational dynamics and local equilibrium conditions for the low energy quantum gravitational dynamics. At the linearised level, we find a result consistent with quadratic gravity. However, beyond the linearised regime the dynamics becomes significantly different from quadratic gravity. We derive the equations for gravitational dynamics that capture this difference and study their... Keywords: termodynamika prostoročasu; kvantově gravitační korekce; gravitační entropie; rozlišení singularit; thermodynamics of spacetime; quantum gravity corrections; gravitational entropy; singularity resolution Available in a digital repository NRGL Termodynamika prostoročasu: korekce z kvantové oblasti

Tato práce zkoumá hluboký vztah mezi gravitací a termodynamikou. Zaměřuje se na představu, že gravitační dynamika je zakódována v podmínkách termodynamické rovnováhy aplikovaných na lokálně ...

Liška, Marek; Alonso Serrano, Ana; Chirco, Goffredo; Barceló, Carlos
Univerzita Karlova, 2024

Eseje o třenicích ve finančních rozhodnutích
Šterc, Ante; Slavík, Ctirad; Rozsypal, Filip; Šustek, Roman
2024 - English Tato disertační práce analyzuje individuální 昀椀nanční rozhodování a jejich důsledky pro heterogenitu v bohatství. V kapitole 1 vytvářím strukturální rámec diskrétní volby inves琀椀čního fondu. Na základě údajů z Průzkumu spotřebitelských 昀椀nancí (Survey of Consumer Finances, SCF) ukazuji, že domácnos琀椀 zvažují výběr inves琀椀čního fondu omezeně. Odhady strukturálního modelu konkrétně ukazují, že domácnos琀椀 se při výběru fondu rozhodují pouze na základě podmnožiny dostupných možnos琀. V závislos琀椀 na bohatství jsou peněžní ztráty z omezeného zvažování vyšší u méně 昀椀nančně gramotných domácnos琀, což naznačuje, že jejich volba je zjednodušená. V kapitole 2 se zaměřujeme na rozhodování domácnos琀 o čerpání hypoték a re昀椀nancování. Naše nové odhady na amerických datech ukazují, že rozdíly v hypotečních sazbách závisí na úrovni 昀椀nančních dovednos琀 a úsilí jednotlivců při hledání. Konkrétně implementujeme stochas琀椀cké propojení záznamů a zjišeujeme, že domácnos琀椀 s nízkou 昀椀nanční gramotnos琀 mají až o 4% nižší pravděpodobnost, že budou zvažovat více věřitelů a za昀椀xují se na sazbách vyšších o 15-20 bazických bodů. Po poskytnu琀 hypotéky se nekvali昀椀kovaní dlužníci potýkají s o 35-45% vyšší delikvencí a nakonec mají o 30% nižší pravděpodobnost re昀椀nancování. Pokračujeme v kvan琀椀昀椀kaci peněžních ztrát způsobených... This disserta琀椀on analyzes individual 昀椀nancial decisions and their implica琀椀ons for wealth heterogeneity. In Chapter 1, I build a structural framework of a discrete investment fund choice. Using the Survey of Consumer Finances (SCF) data, I show that households exhibit limited considera琀椀on when choosing an investment fund. Speci昀椀cally, the structural model es琀椀mates show that households make their fund choice based only on a subset of available op琀椀ons. Condi琀椀onal on wealth, monetary losses from limited considera琀椀on are higher for less 昀椀nancially literate households, sugges琀椀ve of their choice simpli昀椀ca琀椀on. In Chapter 2, we focus on household mortgage take-up and re昀椀nancing decisions. Our novel U.S. data es琀椀mates show that the varia琀椀on in mortgage rates depends on individual 昀椀nancial skill level and search e昀昀ort. Speci昀椀cally, we implement stochas琀椀c record linkage and 昀椀nd that households with low 昀椀nancial literacy are up to 4% less likely to consider more lenders and lock in at 15-20 b.p. higher rates. Upon origina琀椀on, unskilled borrowers face a 35-45% higher mortgage delinquency and end up with a 30% lower likelihood of re昀椀nancing. We proceed to quan琀椀fy monetary losses due to ine昀昀ec琀椀ve search, and we show that households with low 昀椀nancial skills pay more than 10% extra at the 琀椀me of... Keywords: výběr investičního fondu; omezené zohlednění; finanční gramotnost; refinancování hypotéky; hledání hypotečního úvěru; fiskální multiplikátory; heterogenita bohatství; investment fund choice; limited consideration; financial literacy; mortgage refinancing; mortgage search; fiscal multipliers; wealth heterogeneity Available in a digital repository NRGL Eseje o třenicích ve finančních rozhodnutích

Tato disertační práce analyzuje individuální 昀椀nanční rozhodování a jejich důsledky pro heterogenitu v bohatství. V kapitole 1 vytvářím strukturální rámec diskrétní volby inves琀椀čního fondu. Na ...

Šterc, Ante; Slavík, Ctirad; Rozsypal, Filip; Šustek, Roman
Univerzita Karlova, 2024

Eseje o Rozvojové Ekonomii
Sargsyan, Ella; Mittag, Nikolas Karl; Poyker, Michael; Fiorin, Stefano
2024 - English Tato disertační práce zkoumá účinné strategie domácností pro zvládání hlubokých ekonomických šoků a dopad násilných konfliktů a přírodních katastrof na genderové pref- erence rodičů v rozvojových zemích. Ve světle rostoucích obav z nedostatku potravin způsobeného různými krizemi zkoumá první kapitola účinné strategie zvládání, které mohou domácnosti využít ke zmírnění tr- valých dopadů příjmových šoků a souvisejícího nutričního deficitu. Odhalujeme dosud neprozkoumaný mechanismus zvládání - domácí výrobu - a zjišťujeme míru jeho účinnosti při zmírňování negativních dopadů krizí na zdraví dětí. Za tímto účelem se zaměřujeme na tranziční období po rozpadu Sovětského svazu a zkoumáme roli domácí produkce brambor. Konkrétně s využitím údajů na individuální úrovni z Ruska, Kazachstánu a dalších postsovětských zemí a s využitím variability indexu vhodnosti půdy zjišťujeme, že domácnosti, které pěstovaly brambory na půdě vhodnější pro jejich pěstování, dokázaly snížit negativní dopady transformačního šoku na zdraví svých dětí, měřeno výškou v dospělosti a z-skóre výšky na věk. Naše zjištění naznačují, že ke zmírnění dlouhodobých nepřiznivých... This dissertation investigates effective household coping strategies during profound economic shocks, as well as the impact of violent conflicts and natural disasters on parents' child gender preferences in developing countries. In light of rising concerns about food insecurity caused by a variety of crises, the first chapter investigates effective coping strategies households can employ to mitigate the lasting impacts of income shocks and associated nutrition deficits. We uncover a previously unexplored coping mechanism - home production - and establish the extent of its effectiveness in mitigating the negative effects of crises on child health. To do so, we focus on the transition period after the collapse of the Soviet Union and investigate the role of household production of potatoes. Specifically, utilizing individual-level data from Russia, Kazakhstan, and other post-Soviet countries and exploiting the variation in the soil suitability index, we establish that households that grew potatoes on land more suitable for their cultivation were able to reduce the negative effects of transition shock on the health of their children as measured by adult height and height-for-age z-score. Our findings suggest that targeted nutritional interventions are needed to mitigate long-term adverse health... Available in a digital repository NRGL Eseje o Rozvojové Ekonomii

Tato disertační práce zkoumá účinné strategie domácností pro zvládání hlubokých ekonomických šoků a dopad násilných konfliktů a přírodních katastrof na genderové pref- erence rodičů v rozvojových ...

Sargsyan, Ella; Mittag, Nikolas Karl; Poyker, Michael; Fiorin, Stefano
Univerzita Karlova, 2024

Chování a složitost v hospodaření domácností
Cota, Marta; Kapička, Marek; Schlafmann, Kathrin; Mazzonna, Fabrizio
2024 - English Tato práce zkoumá mechanismy, které jsou základem rozdílů ve finančním rozhodování, včetně spoření na důchod a výběru hypotéky. Kapitola 1 zkoumá dlouhodobý efekt extrapola- tivních očekávání na důchodové spoření v dotovaných zaměstnavatelských penzijních fondech 401(k) ve Spojených státech. Kapitola představuje odchylku od racionálních očekávání při reprodukci míry příspěvků na penzi na úrovni pracovníků v průběhu jejich zaměstnání. Kapitola 2 vytváří nový soubor dat z USA a zkoumá korelaci mezi finanční gramotností, dosažením hypoteční sazby a refinancováním. Empirické odhady motivují zavedení finanční gramotnosti a úrovně úsilí při vyhledávání jako dimenzí heterogenity, které vytvářejí rozdíly ve splácení hypoték. Zjišťuji, že ztráty z nízké úrovně finančních dovedností a úsilí při vyhledávání dosahují téměř 10% celkového úvěru, což znamená významný vliv na rozpočty finančně nekvalifikovaných a nezkušených amerických domácností. Kapitola 3 využívá těchto empirických zjištění a začleňuje rámec pro vyhledávání hypoték na mikroúrovni do standard- ního modelu spotřeby a úspor heterogenních agentů. Finančně zdatní agenti čelí nižším kog- nitivním nákladům na vyhledávání, a proto zkoumají více možností a v konečném důsledku dosahují nižších hypotečních sazeb. V závislosti na majetku a produktivitě se... This thesis explores mechanisms underlying differences in financial decision-making, includ- ing retirement saving and mortgage choice. Chapter 1 investigates the long-term effect of extrapolative expectations on retirement savings in subsidized employer-matched 401(k) ac- counts in the U.S. The chapter introduces a deviation from rational expectations in reproduc- ing worker-level retirement contribution rates over their tenure. Chapter 2 generates a novel U.S. data set and examines the correlation between financial literacy, mortgage rate attain- ment, and refinancing. Empirical estimates motivate the introduction of financial literacy and the level of search effort as dimensions of heterogeneity that generate differences in mort- gage repayments. I find that losses from low financial skill levels and search effort amount to almost 10 percent of the total loan, implying significant effects on the budgets of financially unskilled and inexperienced U.S. households. Chapter 3 leverages these empirical findings and embeds a micro-founded mortgage search framework in a standard heterogeneous agent model of consumption and saving. Financially skilled agents face lower cognitive search costs and thus explore more options, and ultimately achieve lower mortgage rates. Conditional on assets and... Keywords: očekávání příjmu; nezlikvidovatelné úspory; příspěvek na penzi; výběr hypotéky; finanční dovednosti; finanční vzdělání; nerovnost v spotřebě a úsporách; income expectations; illiquid savings; retirement contribution; mortgage choice; financial skills; financial education; consumption and saving inequality Available in a digital repository NRGL Chování a složitost v hospodaření domácností

Tato práce zkoumá mechanismy, které jsou základem rozdílů ve finančním rozhodování, včetně spoření na důchod a výběru hypotéky. Kapitola 1 zkoumá dlouhodobý efekt extrapola- tivních očekávání na ...

Cota, Marta; Kapička, Marek; Schlafmann, Kathrin; Mazzonna, Fabrizio
Univerzita Karlova, 2024

Cesta Hora: Panství a přechodová symbolika ve Sporu Hora a Sutecha
Čermák, Michal; Pehal, Martin; Spalinger, Anthony John; Goebs, Katja
2024 - English Tato studie zkoumá staroegyptský příběh Spor Hora a Sutecha, doložený na papyru Chester Beatty I z Nové říše se zaměřením na jeho složitou symboliku a vztah k soudobému egyptskému náboženskému myšlení a královské ideologii. Věnuje se intertextuálním vazbám mezi příběhem a četnými egyptskými textovými korpusy včetně rituálních textů, pohřebních nápisů, královských inskripcí a literatury. Po této symbolické analýze následuje výklad příběhu jako literárního přechodového rituálu, jehož středobod představuje drama královského nástupnictví, které je v příběhu reprezentováno dospíváním boha Hora. Práce identifikuje prvky jednotlivých fází tohoto procesu, přičemž zvláštní pozornost je věnována liminálnímu aspektu nástupnictví, v němž se různé symbolické vrstvy spojují v jediné vyprávění zaměřené na proměnu prince v krále. Studie v příběhu odhaluje komplexní teologii královského úřadu jako pozemského obrazu boha stvořitele, který v dramatu svého nástupu na trůn subsumuje souhrn vitálních procesů ve vesmíru včetně oživení mrtvých v posmrtném životě a cyklické obnovy celého kosmu. Zkoumání postavy boha Sutecha představuje druhý ústřední prvek práce, která popisuje jeho nezastupitelnou funkci v životním cyklu kralování. Sutech je ukázán jako komplementární kosmický princip k Horovi, a zajišťuje trvalou... The present study explores the Ancient Egyptian tale Contendings of Horus and Seth, attested from the New Kingdom Papyrus Chester Beatty I, with focus on its complex symbolism and relationship to contemporary Egyptian religious thought and royal ideology. Intertextual ties between the tale and multiple Egyptian textual corpora are outlined, including ritual texts, funerary inscriptions, royal inscriptions of various types and literature proper. The symbolic analysis is followed by an interpretation of the story as a literary rite of passage, centred on the drama of royal succession, represented in the tale by the maturation of the god Horus. Elements of individual stages of this process are identified, with particular attention being given to the liminal aspect of succession, in which the various symbolic layers merge into a single narrative focused on the transformation of a prince into a king. The study shows how the tale presents a complex theology of kingship as an earthly image of the creator god, who subsumes in the drama of his ascension to the throne the totality of vital processes in the universe, including the revival of the dead in the afterlife and a cyclic renewal of the whole cosmos. The figure of the god Seth serves as another major focus of the thesis, which describes his... Keywords: Arnold van Gennep|Dér el-Medína|Hor|Kruhová kompozice|Liminalita|Maurice Bloch|Mýtus a rituál|Papyrus Chester Beatty I|Pozdně egyptská literatura|Přechodové rituály|Přechodové rituály (Starý Egypt)|Spor Hora a Sutecha|Staroegyptská kosmologie|Staroegyptská literatura|Staroegyptská mytologie|Staroegyptské náboženství|Staroegyptský královský úřad|Sutech|Victor Turner; Ancient Egyptian Cosmology|Ancient Egyptian Kingship|Ancient Egyptian Literature|Ancient Egyptian Mythology|Ancient Egyptian Religion|Arnold van Gennep|Contendings of Horus and Seth|Deir el-Medina|Horus|Late Egyptian Literature|Liminality|Maurice Bloch|Myth and Ritual|Papyrus Chester Beatty I|Ring Composition|Rites of Passage|Rites of Passage (Ancient Egypt)|Seth|Victor Turner Available in a digital repository NRGL Cesta Hora: Panství a přechodová symbolika ve Sporu Hora a Sutecha

Tato studie zkoumá staroegyptský příběh Spor Hora a Sutecha, doložený na papyru Chester Beatty I z Nové říše se zaměřením na jeho složitou symboliku a vztah k soudobému egyptskému náboženskému myšlení ...

Čermák, Michal; Pehal, Martin; Spalinger, Anthony John; Goebs, Katja
Univerzita Karlova, 2024

Intravitální diagnostika neurodegenerativních onemocnění.
Baranová, Soňa; Holada, Karel; Kaňovský, Petr; Žáková, Dana
2024 - English Prionopatie, taktiež nazývané transmisívne spongiformné encefalopatie (TSE), a synukleínopatie predstavujú skupinu neurodegeneratívnych ochorení, ktoré sú asociované s akumuláciou nesprávne zložených proteínov (prión a α-synukleín) prevažne v centrálnom nervovom systéme. Kvôli absencii spoľahlivého biomarkera je včasná a definitívna diagnostika počas života pacienta nedostupná. Zlatým štandardom preto zostáva priama post-mortem detekcia patologicky zložených proteínov v mozgovom tkanive pomocou western blotu a imunohistochémie. Avšak v posledných rokoch sa pre ultra-senzitívnu ante-mortem diagnostiku zaviedli metódy so spoločným názvom ʺseeding amplification assays (SSAs)ʺ akou je aj Real-Time Quacking-Induced Conversion (RT-QuIC). SAAs využívajú schopnosť patologicky zložených proteínov, ktoré sú prítomné v pacientskej vzorke, zmeniť konformáciu a iniciovať agregáciu monomérneho rekombinantného proteínu v substráte vďaka ʺprion-likeʺ mechanizmu. V prezentovanej dizertačnej práci sme analyzovali prión konvertujúcu aktivitu v post- mortem TSE (n=38) a non-TSE (n=30) vzorkách cerebrospinálneho moku (CSF) a korešpondujúcich vzoriek koží pomocou druhej generácie RT-QuIC metódy (55řC, 700 rpm, cykly 1 min dvoj orbitálneho trepania a 1 min inkubácia) s využitím rekombinantného skráteného priónového... Prionopathies, also called transmissible spongiform encephalopathies (TSE) and synucleinopathies are neurodegenerative diseases that are associated with the accumulation of misfolded proteins (prion and α-synuclein) mostly in the central nervous system. To this day, early and definite diagnosis remains unavailable during the patient's lifetime, mainly due to the absence of reliable biomarker which makes clinical diagnosis more challenging. Therefore, the gold standard in diagnostics remains direct post-mortem evaluation of misfolded proteins within brain tissue by western blot and immunohistochemistry. In the recent years, seeding amplification assays (SAAs) like Real-Time Quacking-Induced Conversion (RT-QuIC) emerged for ultra-sensitive ante-mortem diagnosis of neurodegenerative diseases. SAAs exploit ability of pathological misfolded proteins present in patient's samples to change the conformation and initiate aggregation of native recombinant protein substrate by prion-like seeding mechanism. In the presented dissertation thesis, we exploited second-generation RT-QuIC assay (55řC, 700 rpm, cycles of 1 min double-orbital shaking and 1 min incubation) utilizing recombinant hamster shortened prion protein (rHAPrP90-231) to evaluate prion seeding activity in post-mortem TSE (n=38) and non-TSE (n=30)... Keywords: diagnostika; neurodegeneratívne ochorenia; prión; CJCH; α-synukleín; synukleínopatia; RT-QuIC; diagnosis; neurodegenerative diseases; prion; CJD; α-synuclein; synucleinopathy; RT-QuIC Available in a digital repository NRGL Intravitální diagnostika neurodegenerativních onemocnění.

Prionopatie, taktiež nazývané transmisívne spongiformné encefalopatie (TSE), a synukleínopatie predstavujú skupinu neurodegeneratívnych ochorení, ktoré sú asociované s akumuláciou nesprávne zložených ...

Baranová, Soňa; Holada, Karel; Kaňovský, Petr; Žáková, Dana
Univerzita Karlova, 2024

Význam různých zdrojů a sekvenančních protokolů při zvyšování přesnosti NGS analýz v diagnostických aplikacích
Kvapilová, Kateřina; Kozmik, Zbyněk; Piherová, Lenka; Slabý, Ondřej
2024 - English 1 Souhrn Neustálé pokroky v technologii sekvenování nové generace (NGS), jakými jsou kapacita, rychlost a snížené náklady na sekvenovaní, vedou k revoluci v personalizované medicíně, tím, jak postupně přináší genomiku do rutinní klinické praxe. NGS se stále rychle vyvíjí, avšak variabilita sekvenačních protokolů a validačních postupů je jedním z jeho problematických rysů. Cílem této práce bylo zhodnotit význam různých zdrojů vzorků a sekvenačních protokolů (od přípravy sekvenační knihovny-sekvenování-analýzi dat) pro zvýšení přesnosti NGS analýzy v diagnostických aplikacích. V první studii, provedené během vypuknutí pandemie COVID-19, jsme vyvinuli NGS protokoly vhodné pro analýzu celého genomu viru SARS-CoV-2. Následně jsme ve druhé studii zkoumali vhodnost lidské genomické DNA (gDNA) pocházející ze slin pro genomickou/genetickou analýzu vybraných variantních k tradiční gDNApocházející z krve pomocí validovaného NGS protokolu a statistického srovnání získaných dat. K ověření účinnosti sekvenačních protokolů pro analýzu celého genomu SARS-CoV-2 byly použity dva sekvenační přístupy založené na zachycení části genomu a jeden sekvenanční přístup založený na amplifikaci částí genomů. K ověření přesnosti a specifičnosti vyvinutých NGS protokolů byly použity syntetické kontroly. Prokázali jsme, že kvantifikace... 1 ABSTRACT Continued advances in next-generation sequencing (NGS) technology, such as capacity, speed, and reduced cost per sequenced base, revolutionize personalized medicine and bring genomics into routine clinical practice. Nevertheless, NGS is still under rapid development, and the variability of sequencing protocols and validation procedures is one of its current bottlenecks. This thesis aimed to study the influence of different sample sources and NGS protocols (NGS library construction-sequencing-data analysis) on the accuracy of NGS analysis in diagnostic applications. In the first study, performed during the COVID-19 pandemic outbreak, we developed NGS protocols suitable for a whole genome analysis of the SARS-CoV-2 virus. Subsequently, in the second study, we examined the suitability of human saliva-derived gDNA for genomic/genetic analysis of selected variant types compared to traditional blood-derived gDNAusing validated NGS protocol and statistical comparison of the obtained data. Whole genome analysis of the SARS-CoV-2 genome was performed using two captured- based approaches and one amplicon-based approach to study the quality and effectivity of the respective NGS protocols. Synthetic controls were employed to verify the accuracy and specificity of the developed NGS protocols. We proved that... Keywords: NGS; WGS; WES; analýza variant; slinná gDNA; validace NGS protokolu; NGS; WGS; WES; genomics variant analysis; saliva-derived gDNA; validation guideline Available in a digital repository NRGL Význam různých zdrojů a sekvenančních protokolů při zvyšování přesnosti NGS analýz v diagnostických aplikacích

1 Souhrn Neustálé pokroky v technologii sekvenování nové generace (NGS), jakými jsou kapacita, rychlost a snížené náklady na sekvenovaní, vedou k revoluci v personalizované medicíně, tím, jak postupně ...

Kvapilová, Kateřina; Kozmik, Zbyněk; Piherová, Lenka; Slabý, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Za zvukem literatury. Zkoumání inherentního hlasu literárních děl
Navrátilová, Eva; Bílek, Petr; Kaplický, Martin; Kroča, David
2024 - English Univerzita Karlova Filozofická fakulta Ústav české literatury a komparatistiky Filologie (P7310) - Obecná a srovnávací literatura (P0232D090050) Abstrakt (CZ) Za zvukem literatury Zkoumání inherentního hlasu literárních děl Towards the Sound of Literature Examining the Inherent Voice of Literary Works Mgr. & MgA. Eva Navrátilová Praha, 2024 Školitel: Prof. PhDr. Petr A. Bílek, CSc. Disertace se snaží o komplexní a zároveň univerzální pojetí tématu zvuku a lite- ratury. Činí tak různými způsoby a v rozmanitých kontextech. Text se spoléhá na neoddělitelnost sluchového vjemu od samotného procesu čtení (samozřejmě až na ur- čité výjimky) a to jak ve smyslu porozumění obsahu skrze jeho ozvučení, tak při pojímání zvukové struktury textu jako čtenářova individuální implicitního a bezpro- střední výkladu díla. Pojem zvuku je v naprosté většině případů zúžen na fenomén hlasu a řeči, tj. zvuků výsostně lidských. Pro systematičnost argumentace je disertace rozdělena do tří částí. První se ve formě "cyklu" vyrovnává se základními literárně-teoretickými pojmy jako vypravěč a řeč postav, ke kterým se přidává skutečná řeč a také pojem ticha v literatuře. Druhá část je pojata jako čtyři epizodní ozvěny prvotního nástinu "cyklu" a jedná se o dílčí separované náměty související se zvukem a literaturou, která dotvářejí... Charles University Faculty of Arts Department of Czech and Comparative Literature Philology (P7310) - General and Comparative Literature (P0232D090050) Abstract (EN) Towards the Sound of Literature Examining the Inherent Voice of Literary Works Za zvukem literatury Zkoumání inherentního hlasu literárních děl Mgr. & MgA. Eva Navrátilová Prague, 2024 Supervisor: Prof. PhDr. Petr A. Bílek, CSc. The dissertation strives for a comprehensive and at the same time universal con- cept of the topic of sound and literature. It is done so in various ways and in diverse contexts. The text relies on the inseparability of the auditory perception from the reading process itself (with certain exceptions, of course), both in the sense of un- derstanding the content through its sound, and in perceiving the sound structure of the text as the reader's individual implicit and immediate interpretation of the work. The concept of sound is in the vast majority of cases specified to the phenomenon of voice and speech, i.e. sounds that are eminently human. For the sake of systematic argumentation, the dissertation is divided into three parts. The first one in a form of a "cycle" deals with basic literary-theoretical concepts such as narrator and speech of the characters, to which actual speech is added as well as the concept of... Keywords: zvuk v literatuře|proces čtení|hlas|ozvěna|čtení nahlas|tiché čtení|audiální potenciál|naratologie|psycholingvistika|multioborovost v literatuře; sound in literature|process of reading|voice|echo|oral reading|silent reading|auditory potential|narratology|psycholinguistics|multidisciplinarity in literature Available in a digital repository NRGL Za zvukem literatury. Zkoumání inherentního hlasu literárních děl

Univerzita Karlova Filozofická fakulta Ústav české literatury a komparatistiky Filologie (P7310) - Obecná a srovnávací literatura (P0232D090050) Abstrakt (CZ) Za zvukem literatury Zkoumání ...

Navrátilová, Eva; Bílek, Petr; Kaplický, Martin; Kroča, David
Univerzita Karlova, 2024

Proč Romové nejsou teroristé: Přehodnocení sporných faktorů radikalizace
Kocmanová, Markéta; Aslan, Emil; Droogan, Julian; Lakhani, Suraj
2024 - English Výzkum radikalizace se vyznačuje nadměrným důrazem na rizikové faktory, které vedou k projevům různých forem extrémního politického násilí. Tato disertační práce představuje výsledky výzkumu zaměřeného na faktory, které činí komunity odolnými vůči behaviorální radikalizaci. Empirický základ vychází z rozsáhlých dat od 139 účastníků výzkumu ze šesti zemí, získaných především z hloubkových rozhovorů a dalších etnografických technik sběru dat. Jako obecný metodologický rámec využívám postupů zakotvené teorie v etnografii, která umožňuje na robustních empirických základech vystavět přesvědčivou a unikátní případovou studii skupinové odolnosti vůči radikalizaci mezi romskou etnickou menšinou. Identifikovala jsem pět hlavních faktorů odolnosti, které se vzájemně doplňují a synergicky působí jako brzda proti behaviorální radikalizaci. Faktory odolnosti spočívají v organizační ontologii skupiny, silném pocitu sounáležitosti s komunitou, sklonu vyhýbat se konfliktu, schopnosti odpouštět spíše než hledat pomstu a kategorii komplexní flexibility, která zahrnuje orientaci na přítomný okamžik, účinnou emoční regulaci a kognitivní adaptabilitu. Identifikuji také rizikové faktory související s potenciální radikalizací v komunitě, které spatřuji především v pokračující erozi tradičních romských hodnot. Research on radicalisation is characterised by an excessive emphasis on risk factors that lead to manifestations of different forms of extreme political violence. This dissertation presents the results of research focused on factors that make communities resilient against behavioural radicalisation. The empirical basis draws on extensive data from 139 research participants from six countries, obtained primarily from in-depth interviews and other ethnographic data collection techniques. Utilising Grounded Theory in Ethnography as the overarching methodological framework, I provide robust empirical evidence to build a unique case of group resilience against radicalisation among the Romani ethnic group. I identified five main factors of resilience that complement each other and work as brakes on behavioural radicalisation in mutual synergy. The factors of resilience are grounded in the organisational ontology of the group, their strong sense of belonging to a community, their propensity to avoid conflict, their ability to forgive rather than seek revenge, and a category of complex flexibility that includes present-time orientation, effective emotional regulation, and cognitive adaptability. I also identify risk factors related to potential radicalisation in the community, mainly the risk of continued... Keywords: kvalitativní rozhovory; marginalizované skupiny; násilný extremismus; odolnost vůči radikalizaci; radikalizace; terénní výzkum; terorismus; zakotvená teorie; Fieldwork; Grounded Theory; Marginalised Groups; Qualitative Interviews; Radicalisation; Resilience Against Radicalisation; Violent Extremism; Terrorism Available in a digital repository NRGL Proč Romové nejsou teroristé: Přehodnocení sporných faktorů radikalizace

Výzkum radikalizace se vyznačuje nadměrným důrazem na rizikové faktory, které vedou k projevům různých forem extrémního politického násilí. Tato disertační práce představuje výsledky výzkumu ...

Kocmanová, Markéta; Aslan, Emil; Droogan, Julian; Lakhani, Suraj
Univerzita Karlova, 2024