Ne (2984)
Použitá omezení
(3)
Počet nalezených dokumentů:
2984
Publikováno od
do
Automatická komprese vah neuronových sítí
Lorinc, Marián; Sekanina, Lukáš; Mrázek, Vojtěch
2024 - anglický
Konvolučné neurónové siete (CNN) od svojho vynájdenia zrevolucionizovali spôsob, akým sa realizujú úlohy z odvetvia počítačového videnia. Vynález CNN viedol k zníženiu pamäťovej náročnosti, keďže váhy boli nahradené konvolučnými filtrami obsahujúcimi menej trénovateľných váh. Avšak, toto zníženie bolo dosiahnuté na úkor zvýšenia požiadaviek na výpočtový výkon, ktorý je naviazaný na výpočet konvolúcie. Táto práca skúma hypotézu, či je možné sa vyhnúť načítavaniu váh a miesto toho ich vypočítať, čím sa ušetrí energia. Na otestovanie tejto hypotézy bol vyvinutý nový algoritmus kompresie váh využívajúci Kartézske genetické programovanie. Tento algoritmus hľadá najoptimálnejšiu funkciu kompresie váh s cieľom zvýšiť energetickú účinnosť. Experimenty vykonané na architektúrach LeNet-5 a MobileNetV2 ukázali, že algoritmus dokáže efektívne znížiť spotrebu energie pri zachovaní vysokej presnosti modelu. Výsledky ukázali, že určité vrstvy je možné doplniť vypočítanými váhami, čo potvrdzuje potenciál pre energeticky efektívne neurónové siete. Convolutional Neural Networks (CNNs) have revolutionised computer vision field since their introduction. By replacing weights with convolution filters containing trainable weights, CNNs significantly reduced memory usage. However, this reduction came at the cost of increased computational resource requirements, as convolution operations are more computation intensive. Despite this, memory usage remains more energy-intensive than computation. This thesis explores whether it is possible to avoid loading weights from memory and instead functionally calculate them, thereby saving energy. To test this hypothesis, a novel weight compression algorithm was developed using Cartesian Genetic Programming. This algorithm searches for the most optimal weight compression function, aiming to enhance energy efficiency without compromising the functionality of the neural network. Experiments conducted on the LeNet-5 and MobileNetV2 architectures demonstrated that the algorithm could effectively reduce energy consumption while maintaining high model accuracy. The results showed that certain layers could benefit from weight computation, validating the potential for energy-efficient neural network implementations.
Klíčová slova:
Convolutional Neural Networks; CNN; Evolutionary Algorithms; EA; Genetic Algorithms; GA; Cartesian Genetic Programming; CGP; Optimization; Compression; MobileNetV2; LeNet-5; Energy Efficiency; Weight Compression Algorithm; Deep Learning; Konvolučné neurónové siete; CNN; Evolučné algoritmy; EA; Genetické algoritmy; GA; Kartézske genetické programovanie; CGP; Optimalizácia; Kompresia; MobileNetV2; LeNet-5; Energetická účinnosť; Kompresia váh; Hlboké učenie
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Automatická komprese vah neuronových sítí
Konvolučné neurónové siete (CNN) od svojho vynájdenia zrevolucionizovali spôsob, akým sa realizujú úlohy z odvetvia počítačového videnia. Vynález CNN viedol k zníženiu pamäťovej náročnosti, keďže váhy ...
Návrh superskalárního RISC-V procesoru
Salvet, Dominik; Šimek, Václav; Jaroš, Jiří
2024 - anglický
Tato práce se zabývá návrhem a implementací superskalární mikroarchitektury RISC-V procesoru zaměřené na prostředí s omezenými zdroji. Za tímto účelem mikroarchitektura definuje sedmistupňovou zřetězenou linku s dvojitým vydáváním instrukcí, které vykonává v pořadí. Je popsána v jazyce SystemVerilog a lze ji snadno simulovat na počítači. Pomocí připravených nástrojů pouští vytvořený model procesoru programy napsané v RISC-V jazyce symbolických adres zkompilované GCC. Na základě provedeného testování bez speciální asistence kompilátoru procesor provede v průměru 0,88 instrukcí za cyklus, čímž poskytuje o 22,6 % vyšší výkon než jeho skalární protějšek. Vzhledem k tomu, že se navržená mikroarchitektura také vyhýbá nadměrné specializaci, poskytuje dobrý základ, který lze dále rozšiřovat a optimalizovat na základě profilování očekávaných programů, což vede k optimálnímu výkonu a využití zdrojů. This thesis deals with designing and implementing a superscalar RISC-V processor microarchitecture focused on environments with constrained resources. For that, the microarchitecture exposes a dual-issue seven-stage pipeline with in-order instruction execution. It is described in SystemVerilog and can be easily simulated on a computer. Using prepared tools, the created processor model runs RISC-V assembly programs compiled by GCC. Based on conducted testing without special compiler assistance, the processor executes 0.88 instructions per cycle on average, providing 22.6 % higher performance than its scalar counterpart. Considering that the microarchitecture also avoids unnecessary specialization, it provides a good base that can be further extended and optimized based on the profiling of expected programs, leading to optimal performance and use of resources.
Klíčová slova:
Superscalar processor; RISC-V instruction set; instruction pipelining; in-order execution; dual-issue architecture; open-source hardware; SystemVerilog; simulation testbench; Superskalární procesor; instrukční sada RISC-V; zřetězené zpracování; vykonávání instrukcí v pořadí; dvojité vydávání instrukcí; otevřený hardware; SystemVerilog; simulační testbench
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Návrh superskalárního RISC-V procesoru
Tato práce se zabývá návrhem a implementací superskalární mikroarchitektury RISC-V procesoru zaměřené na prostředí s omezenými zdroji. Za tímto účelem mikroarchitektura definuje sedmistupňovou ...
Kryo-EM: Vliv EER formátu a super-rozlišení na výsledky SPA
Geršl, David; Dobrovský, Ladislav; Hůlka, Tomáš
2024 - anglický
Kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM) se stala zásadním nástrojem ve strukturální biologii, který umožňuje vizualizaci biologických makromolekul v atomovém rozlišení za kryogenních podmínek. Tato diplomová práce se věnuje zkoumání vlivu obrazového rozlišení a chyb lokalizace v rámci techniky cryo-EM, přičemž klade důraz na jejich dopad na analýzu jednotlivých částic (SPA). Práce je rozdělena do dvou hlavních experimentálních částí. První část zkoumá dopady různých obrazových rozlišení na procesy rekonstrukce v SPA. Zde bylo zjištěno, že zvýšení rozlišení obrazu vede k lepšímu detailu a strukturální jasnosti, avšak zároveň výrazně zvyšuje výpočetní nároky a komplexnost datového zpracování. Druhá experimentální část se zaměřuje na vliv uměle indukovaných chyb lokalizace, které jsou způsobeny použitím technik superrozlišení. Tyto chyby mají negativní vliv na přesnost korekce pohybu a odhady funkcí přenosu kontrastu (CTF), což jsou klíčové aspekty pro přesné 3D rekonstrukce v SPA. Zkoumání těchto dvou klíčových faktorů odhalilo, že i přes technologický pokrok v oblasti detektorů a zpracování obrazu, který umožnil dosáhnout rozlišení srovnatelného s X-ray krystalografií, stále existují výzvy spojené s potenciální optimalizací těchto procesů v praxi. Tyto výzvy zahrnují potřebu efektivnějšího využití výpočetních zdrojů a lepšího pochopení vlivu technických parametrů na kvalitu a přesnost výsledných rekonstrukcí. Výsledky této práce poskytují poznatky pro další vývoj v oblasti cryo-EM a otevírají možnosti pro zlepšení metod SPA, což může potenciálně vést k přesnějšímu a efektivnějšímu studiu komplexních biologických struktur. Tyto poznatky také naznačují směry pro budoucí výzkum a potenciál pro technologické inovace, které by mohly dále zlepšit schopnosti cryo-EM v oblasti strukturní biologie. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a pivotal tool in structural biology, enabling the visualization of biological macromolecules at atomic resolutions under cryogenic conditions. This thesis explores the intricacies of image resolution and localization errors within cryo-EM, particularly focusing on their impact on Single Particle Analysis (SPA). The experimental sections delve into the effects of various image resolutions and the introduction of artificial localization errors through super-resolution imaging techniques. Key findings indicate that while higher resolutions enhance detail and structural clarity, they significantly increase computational demands. Additionally, localization errors introduced by super-resolution imaging can adversely affect the accuracy of motion correction and Contrast Transfer Function (CTF) estimations, critical for accurate 3D reconstructions. These insights highlight the delicate balance required in cryo-EM between achieving high resolution and maintaining image integrity, suggesting directions for future research and technological advancements in electron microscopy.
Klíčová slova:
transmission electron microscopy; electron event representation; super-resolution; single particle analysis; cryo-EM; transmisní elektronová mikroskopie; electron event representation; superrozlišení; analýza jednotlivých částic; kryogenní elekotronová mikroskopie
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Kryo-EM: Vliv EER formátu a super-rozlišení na výsledky SPA
Kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM) se stala zásadním nástrojem ve strukturální biologii, který umožňuje vizualizaci biologických makromolekul v atomovém rozlišení za kryogenních podmínek. Tato ...
Detekce přítomnosti nahoty v obrazových datech
Pešková, Daniela; Orság, Filip; Goldmann, Tomáš
2024 - anglický
Zameranie tejto práce je vytvorenie nástroja schopného detekovať nahotu v obrazových dátach. To je dosiahnuté natrénovaním modelu na detekciu inkriminovaných častí tela a vytvorením algoritmu schopného detekovať pokožku. Výsledné nástroje môžu byť použité pre automatickú detekciu nahoty v obrázkoch. Prvá časť práce sa zameriava na teóriu neurónových sietí a počítačového videnia so zameraním na detekciu pokožky. Druhá časť hovorí o prístupe zvolenom pre vytvorenie datasetu, procese tvorby a trénovania modelu schopného detekovať nahotu v obraze, ako aj o algoritmickom prístupe. The focus of this thesis is the creation of a tool capable of detecting nudity in image data. This is achieved by training a model to detect incriminated body parts and creating an algorithm capable of detecting skin. The resulting tools can be used for automatic nudity detection in images. The first part of the thesis focuses on the theory of neural networks and computer vision, with an emphasis on skin detection. The second part discusses the approach chosen for creating the dataset, the process of creation and training the model capable of detecting nudity in images, as well as the algorithmic approach.
Klíčová slova:
Nudity Detection; Pornografic Detection; Skeleton Detection; Convolutional Neural Networks; Deep Learning; Data Extraction; Computer Vision; Skin Detection.; Detekcia Nahoty; Detekcia Pornografie; Detekcia Ľudskej Kostry; Konvolučné Neurónové Siete; Hlboké Učenie; Extrakcia Dát; Počítačové videnie; Detekcia pokožky.
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Detekce přítomnosti nahoty v obrazových datech
Zameranie tejto práce je vytvorenie nástroja schopného detekovať nahotu v obrazových dátach. To je dosiahnuté natrénovaním modelu na detekciu inkriminovaných častí tela a vytvorením algoritmu ...
Lokalizace a analýza defektů v GaN
Gazdík, Richard; Šik, Ondřej; Bábor, Petr
2024 - anglický
Táto diplomová práca sa zaoberá lokalizáciou a analýzou vláknových dislokácií v epitaxných vrstvách GaN. Práca je rozdelená na dve časti - teoretickú a experimentálnu. V teoretickej časti je vysvetlený pôvod a povaha vláknových dislokácií. Okrem toho kladie základy pre lepšie pochopenie možno menej známych techník, ktoré sa dajú použiť na ich štúdium - zobrazovanie elektrónového kanálovacieho kontrastu a selektívne leptanie defektov. V experimentálnej časti sú popísané postupy vykonané pri realizácii týchto techník, ako aj pre TEM zobrazovanie difrakčného kontrastu a s ním spojenej prípravy vzoriek pomocou FIB. Ukazujeme, že každá z týchto techník sa môže použiť samostatne na charakterizáciu vláknových dislokácií, ale že ich kombináciou je možné získať doplňujúce informácie. This master’s thesis is concerned with the localisation and analysis of threading dislocations in GaN epitaxial layers. The thesis is divided into two parts – theoretical and experimental. The theoretical part explains the origin and nature of threading dislocations. Additionally, it lays foundations for a better understanding of perhaps less known techniques, which can be used to study them – electron channeling contrast imaging and defect-selective etching. The experimental part describes the procedures done to carry these techniques, in addition to TEM diffraction-contrast imaging and its associated FIB sample preparation, out. We show that each of the techniques can be used independently to characterize threading dislocations, but that there is a possibility to gain complementary information by combining them.
Klíčová slova:
GaN; ECCI; SEM; TEM; FIB; defect-selective etching; threading dislocation; diffraction contrast; invisibility criteria; GaN; ECCI; SEM; TEM; FIB; selektívne leptanie defektov; vláknová dislokácia; difrakčný kontrast; podmienky neviditeľnosti
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Lokalizace a analýza defektů v GaN
Táto diplomová práca sa zaoberá lokalizáciou a analýzou vláknových dislokácií v epitaxných vrstvách GaN. Práca je rozdelená na dve časti - teoretickú a experimentálnu. V teoretickej časti je ...
Bezpečnostní analýza vybraného Android TV Boxu
Švenk, Adam; Veigend, Petr; Tamaškovič, Marek
2024 - anglický
Popularita TV boxov so systémom Android v poslednom čase výrazne vzrástla. Okrem toho, že ponúkajú širokú škálu funkcií, je čoraz aktuálnejšia otázka, či sú dostatočne zabezpečené a chránené. Táto práca popisuje komplexnú bezpečnostnú analýzu vybraného Android TV boxu, ktorá zahŕňa hardvérové aj softvérové komponenty. Skúmaním zraniteľností prítomných v zariadení sa táto práca zameriava na identifikáciu potenciálnych rizík pre súkromie a bezpečnosť používateľov. Okrem toho navrhuje odporúčania na zmiernenie týchto zraniteľností. The popularity of Android TV boxes has increased significantly in recent times. In addition to offering a wide range of functionality, the question of whether they are adequately secured is becoming increasingly pertinent. This thesis performs a comprehensive security analysis of selected Android TV boxes, covering both the hardware and software components. By examining the vulnerabilities present in the device, this thesis aims to identify potential risks to user privacy and security. Additionally, it proposes recommendations to mitigate these vulnerabilities.
Klíčová slova:
security analysis; Android; Android TV; OWASP; vulnerability; firmware; reverse engineering; bezpečnostná analýza; Android; Android TV; OWASP; zraniteľnosť; firmvér; reverzné inžinierstvo
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Bezpečnostní analýza vybraného Android TV Boxu
Popularita TV boxov so systémom Android v poslednom čase výrazne vzrástla. Okrem toho, že ponúkajú širokú škálu funkcií, je čoraz aktuálnejšia otázka, či sú dostatočne zabezpečené a chránené. Táto ...
Studium emise sekundárních částic při rozptylu iontů a jejich projevů v LEIS spektrech
Malatinová, Michaela; Johánek, Viktor; Průša, Stanislav
2024 - anglický
V tejto práci skúmame emisiu sekundárnych častíc pomocou spektroskopie rozptylu iónov s nízkou energiou (LEIS) a rozptylu iónov so strednou energiou (MEIS). LEIS využíva primárny zväzok iónov vzácnych plynov s počiatočnými energiami niekoľkých keV a je obzvlášť citlivý na najvzdialenejšiu povrchovú vrstvu. Skúmané sú zmeny povrchovej kontaminácie medi, platiny a kremíka, pričom hodnotíme vplyv čistenia rozprašovaním a žíhania na prirodzene sa vyskytujúcu aj indukovanú kontamináciu plynom CO. Tiež sledujeme vplyv pasivácie vodíkom na povrch kremíku. Okrem toho na štúdium desorpcie povrchovej kontaminácie z monokryštalickej Si(100) samonosnej membrány s hrúbkou 50 nm použijeme metódu ToF MEIS S energetickým rozsahom do niekoľkých stoviek keV. Primárne iónové zväzky He, Ne a B sú použité na skúmanie membrány v štandardnej geometrii spätného rozptylu, ale aj v novej priechodnej geometrii experimentu. To nám umožňuje analyzovať emisiu sekundárnych častíc s oboch povrchov. Desorpcia povrchového znečistenia sa predtým pripisovala výhradne energii predanej elektrónovému systému. Ťažšie ióny s vyššou hodnotou straty energie predanej medzi jadrami, však zvyšujú elektronickú depozíciu energie, čo odhaľuje ich synergický efekt. Kombinované účinky zvýšeného prenosu energie do jadrového podsystému a smerový charakter kaskády zrážok zvyšujú výťažok sekundárnych iónov. Tieto poznatky môžu výrazne posunúť výskum čistenia a štruktúrovania 2D materiálov pomocou iónových zväzkov, ktoré ďalej umožní modifikáciu povrchu a kontrolu kontaminácie. In this thesis, we investigate the emission of secondary particles using both Low Energy Ion Scattering (LEIS) and Medium Energy Ion Scattering (MEIS) spectroscopy. LEIS utilizes a primary beam of noble gas ions with initial energies of a few keV and is particularly sensitive to the outermost surface layer. We examine the surface contamination changes on copper, platinum, and silicon, assessing the effects of sputter cleaning and annealing on both naturally occurring and induced CO gas contamination. Additionally, we employ Time-of-Flight MEIS with energy ranges up to a few hundred keV to study the desorption of surface contamination from a single-crystalline Si(100) self-supporting 50 nm thick membrane. Primary beams of He, Ne, and B were used to probe the membrane in both standard backscattering and novel transmission measurement geometries, allowing us to analyze emission from both surfaces. The desorption of surface contamination was previously attributed to electronic sputtering. However, heavier ions with higher nuclear stopping enhance the electronic energy deposition, revealing a synergy effect between them. The combined effects of increased energy deposition to the nuclear subsystem and the directional nature of the collision cascade increased the yield of secondary ions. This knowledge can significantly advance the precision cleaning and structuring of 2D materials using ion beams, enabling surface modification and control of contamination.
Klíčová slova:
Low Energy Ion Scattering Spectroscopy; Medium Energy Ion Scattering Spectroscopy; secondary particles emission; surface contamination; silicon membrane; spektroskopia rozptylu iónov s nízkou energiou; spektroskopia rozptylu iónov so strednou energiou; emisia sekundárnych častíc; povrchová kontaminácia; kremíková membrána
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Studium emise sekundárních částic při rozptylu iontů a jejich projevů v LEIS spektrech
V tejto práci skúmame emisiu sekundárnych častíc pomocou spektroskopie rozptylu iónov s nízkou energiou (LEIS) a rozptylu iónov so strednou energiou (MEIS). LEIS využíva primárny zväzok iónov vzácnych ...
Aligning pre-trained models for spoken language translation
Sedláček, Šimon; Beneš, Karel; Kesiraju, Santosh
2024 - anglický
Tato práce zkoumá nový end-to-end přístup k překladu mluveného jazyka (ST) využívající předtrénovaných modelů pro přepis řeči (ASR) a strojový překlad (MT), propojené malým spojovacím modulem (Q-Former, STE). Ten má za úkol překlenout mezeru mezi modalitami řeči a textu mapováním embedding reprezentací ASR enkodéru do latentního prostoru reprezentací MT modelu. Během trénování jsou zvolené ASR a MT model zmrazeny, laděny jsou pouze parametry spojovacího modulu. Trénování a evaluace jsou prováděny na datasetu How2, obsahujícím ST data z Angličtiny do Portugalštiny. V našich experimentech zjišťujeme, že většina sladěných systémů překonává referenční kaskádový ST systém, přičemž využívají stejné základní modely. Navíc, při zachování konstantní a ve srovnání malé (10M parametrů) velikosti spojovacího modulu, větší a silnější ASR a MT modely univerzálně zlepšují výsledky překladu. Zjišťujeme, že spojovací moduly mohou také sloužit jako doménové adaptéry pro zvolené základní systémy, kdy významně zlepšují výsledky překladu ve sladěném ST prostředí, a to i oproti holému MT výkonu daného MT modelu. Nakonec navrhujeme proceduru pro předtrénování spojovacího modulu s potenciálem snížit množství ST dat potřebných pro trénink obdobných sladěných systémů. In this work, we investigate a novel approach to end-to-end speech translation (ST) by leveraging pre-trained models for automatic speech recognition (ASR) and machine translation (MT) and connecting them with a small connector module (Q-Former, STE). The connector bridges the gap between the speech and text modalities, transforming the ASR encoder embeddings into the latent representation space of the MT encoder. During training, the foundation ASR and MT models are frozen, and only the connector parameters are tuned, optimizing for the ST objective. We train and evaluate our models on the How2 English to Portuguese ST dataset. In our experiments, aligned systems outperform our cascade ST baseline while utilizing the same foundation models. Additionally, while keeping the size of the connector module constant and small in comparison (10M parameters), increasing the size and capability of the ASR encoder and MT decoder universally improves translation results. We find that the connectors can also serve as domain adapters for the foundation models, significantly improving translation performance in the aligned ST setting, compared even to the base MT scenario. Lastly, we propose a pre-training procedure for the connector, with the potential for reducing the amount of ST data required for training similar aligned systems.
Klíčová slova:
spoken language translation; speech translation; model alignment; automatic speech recognition; machine translation; transfer learning; transformers; Q-Former; domain adaptation; překlad mluveného jazyka; překlad řeči; sladění modelů; automatické rozpoznávání řeči; strojový překlad; transfer learning; transformery; Q-Former; doménová adaptace
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Aligning pre-trained models for spoken language translation
Tato práce zkoumá nový end-to-end přístup k překladu mluveného jazyka (ST) využívající předtrénovaných modelů pro přepis řeči (ASR) a strojový překlad (MT), propojené malým spojovacím modulem ...
Výuková aplikace pro český znakový jazyk
Heřman, Kristián; Snášel, Daniel; Malinka, Kamil
2024 - anglický
Cílem této práce bylo navrhnout a vytvořit výukovou aplikaci pro český znakový jazyk, která bude sloužit jako nástroj pro učení a procvičování slovní zásoby. Aplikace využívá webový framework Flask pro serverovou část, jinja2 pro HTML šablony a knihovnu Socket.IO pro komunikaci mezi klientem a serverem v reálném čase. Grafické uživatelské rozhraní bylo navrženo s využitím Bootstrap a JavaScriptu. Aplikace byla uživatelsky otestována. The aim of this thesis was to design and create an educational application for Czech sign language, which will be used as a application for learning and practicing vocabulary. The application uses the Flask web framework for the server side, jinja2 for HTML templates and the Socket.IO library for real-time communication between client and server. The graphical user interface was designed using Bootstrap and JavaScript. The application was user tested.
Klíčová slova:
Hearing impaired; Education system for the hearing impaired; Czech sign language; Web application; Educational application; Python; HTML; CSS; JavaScript; Sluchově postižení; Vzdělávací systém sluchově postižených; Český znakový jazyk; Webová aplikace; Výuková aplikace; Python; HTML; CSS; JavaScript
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Výuková aplikace pro český znakový jazyk
Cílem této práce bylo navrhnout a vytvořit výukovou aplikaci pro český znakový jazyk, která bude sloužit jako nástroj pro učení a procvičování slovní zásoby. Aplikace využívá webový framework Flask ...
Predikce malých RNA u vybraných bakteriálních producentů bioplastů
Heřmánková, Kristýna; Vítková, Helena; Sedlář, Karel
2024 - anglický
Využití bakterií v biotechnologii vyžaduje důkladné pochopení schopností použitých bakterií pro maximalizaci výtěžku. To platí například pro výrobu bioplastů, kde konkurenceschopnost s levnějšími plasty na bázi fosilních paliv závisí také na ceně procesu pro získání požadovaného výtěžku. Nahlédnutí do regulačních mechanismů bakterií, jako je regulace pomocí malých RNA, která zajišťuje rychlou reakci především na stresové podmínky, může pomoct odhalit jejich vlastnosti a posoudit tak jejich využitelnost v biotechnologiích. Tato diplomová práce se zabývá zpracováním bakteriálních transkriptomických dat, které byly sekvenovány pomocí RNA-Seq. Práce je zaměřena zejména na predikci malých RNA u poskytnuté bakterie, slibného kandidáta pro využití v biotechnologii. Cílem je získat přehled o malých RNA v této bakterii, zejména analyzovat potenciální regulaci syntézy PHA malými RNA, které by mohly rozšířit přehled o využitelnosti bakterie pro produkci PHA. The utilization of bacteria in biotechnology requires a thorough understanding of the capabilities of the bacteria used to maximise the yield. This is applicable, for example, in the production of bioplastics, where competitiveness with cheaper fossil fuel-based plastics depends also on the price of the process to obtain the desired yield. The insight into regulatory mechanisms of bacteria, such as regulation by small RNAs, which ensures a rapid response to stress conditions in particular, can reveal their characteristics and thus assess their use in biotechnology. This thesis deals with bacterial transcriptomic data sequenced with RNA-Seq. Especially, work is focused on the prediction of small RNAs in provided bacterium, a promising candidate for use in biotechnology. The aim is to gain insight into the regulation by sRNAs in this bacterium, in order to analyze the potential regulation of PHA synthesis by small RNAs, which could expand the insight into the utility of the bacterium for PHA production.
Klíčová slova:
small RNA; polyhydroxyalkanoates; RNA-Seq; co-expression analysis; differential expression analysis; malé RNA; polyhydroxyalkanoáty; RNA-Seq; ko-expresní analýza; analýza diferenciální exprese
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Predikce malých RNA u vybraných bakteriálních producentů bioplastů
Využití bakterií v biotechnologii vyžaduje důkladné pochopení schopností použitých bakterií pro maximalizaci výtěžku. To platí například pro výrobu bioplastů, kde konkurenceschopnost s levnějšími ...
NUŠL poskytuje centrální přístup k informacím o šedé literatuře vznikající v ČR v oblastech vědy, výzkumu a vzdělávání. Více informací o šedé literatuře a NUŠL najdete na webu služby.
Vaše náměty a připomínky posílejte na email nusl@techlib.cz
Provozovatel
Zahraniční báze