Symptomes of nitrogen excess in soil
Hynšt, Jaroslav; Šimek, Miloslav
2009 - Czech Nitrogen cycling is one of the most important processes on the Earth. Most of N transformations run in soil. Nitrogen usually enters the soil as occasional input in concentrated forms which means that it is often in excess or in deficit. However, deficit and excess of N have different value in different soils and ecosystems. For example, amount of N which causes significant impact on ecosystem of spruce forest is insufficient for the maize field. This suggests, that the amount of N in soil must be evaluated in context of the whole ecosystem. In N-limited ecosystems, most of N is stored in plant biomass and litter characterized by slow transformations. Productivity of ecosystem is low, but N is utilized with high efficiency. On the other hand, in conditions of high availability of N, losses take place. These differences are reflected in content of different fractions of soluble N in soil and different rates of their transformations. Nedostatek a nadbytek dusíku mohou mít různý význam v odlišných ekosystémech. Proto je třeba hledat obecné projevy nedostatku a nadbytku dusíku v půdě. Ve 3 rozdílných půdách byla testována hypotéza, že rostoucí nasycení půdy dusíkem zvyšuje podíl minerálního dusíku na úkor rozpustného organického dusíku a dusíku v mikrobní biomase. Vzorky půdy byly odebrány v porostu bezu černého, na orné půdě a v extenzivním sadu. Půdy byly inkubovány 14 dní a byl sledován obsah NH.sub.4./sub..sup.+./sup., NO.sub.3./sub..sup.-./sup., rozpustného organického dusíku a dusíku v mikrobní biomase. V souladu s hypotézou byl celkový obsah stanovovaných forem dusíku a nejvyšší podíl minerálního dusíku nejvyšší v nitrofilním keřovém porostu bezu černého a nejnižší v půdě nehnojeného extenzivního sadu, ve které byla většina dusíku vázána v mikrobní biomase a obsah minerálního dusíku byl nízký. Půdy se také výrazně lišily vývojem během inkubace. Keywords: nitrogen; soil; excess Available at various institutes of the ASCR Symptomes of nitrogen excess in soil

Nitrogen cycling is one of the most important processes on the Earth. Most of N transformations run in soil. Nitrogen usually enters the soil as occasional input in concentrated forms which means that ...

Hynšt, Jaroslav; Šimek, Miloslav
Biologické centrum, 2009

N.sub.2./sub.O and N.sub.2./sub. emissions, denitrification activity and the size of the denitrifying community in a pasture soil – what is the role of pH?
Čuhel, Jiří; Šimek, Miloslav; Laughlin, R.J.; Chéneby, D.; Bru, D.; Philippot, L.
2009 - Czech Denitrification and subsequent N emissions are significantly influenced by soil pH. Nevertheless, it is not clear, whether pH controls denitrification only due to the influence on kinetics of denitrification enzymes or also due to the different structure of denitrifiers. The objective of the present study was to compare results from N gas emissions and N.sub.2./sub.O molar ratio from soils with artificially changed pH, with those obtained from potential denitrification, and to find out whether there is a relationship between N fluxes and abundance of denitrifiers. The experimental site was located in a grassland area at Borová Farm near Český Krumlov, Czech Republic, and consisted of 12 plots (3x3 m) amended with KOH solution (pH alkaline), H.sub.2./sub.SO.sub.4./sub. solution (pH acidic) or with no amendments (pH natural). The .sup.15./sup.N gas flux method was used to quantify emissions of N.sub.2./sub.O and N.sub.2./sub. in situ at intervals over 74 H. Denitrifikace a následné emise N jsou významně ovlivněny půdní reakcí (pH). Nicméně není jasné, zda pH řídí denitrifikaci pouze skrze kinetiku denitrifikačních enzymů nebo i skrze strukturu denitrifikačního společenstva. Cílem této práce bylo získat lepší vhled do průběhu emisí N.sub.2./sub.O a N.sub.2./sub. stanovených in situ z půd s rozdílnou hodnotou půdní reakce (pH), srovnat získané výsledky s laboratorním stanovením denitrifikační aktivity, a zjistit, zda je ve studovaných půdách možné nalézt nějaké spojení mezi produkcí N.sub.2./sub.O a N.sub.2./sub. a abundancí denitrifikačního společenstva. Pokusná plocha se nacházela v pastevním areálu farmy Borová u Českého Krumlova a byla rozdělena do 12 čtverců (každý 3×3 m) upravených přídavky roztoku KOH (varianta se zásaditým pH půdy), roztoku H.sub.2./sub.SO.sub.4./sub. (kyselé pH) nebo ponechaných bez přídavku (přirozené pH). Emise N.sub.2./sub.O a N.sub.2./sub. in situ byly stanoveny v průběhu 74 h pomocí přenosných komor. Keywords: denitrification; N.sub.2./sub.O; N.sub.2./sub. emission Available at various institutes of the ASCR N.sub.2./sub.O and N.sub.2./sub. emissions, denitrification activity and the size of the denitrifying community in a pasture soil – what is the role of pH?

Denitrification and subsequent N emissions are significantly influenced by soil pH. Nevertheless, it is not clear, whether pH controls denitrification only due to the influence on kinetics of ...

Čuhel, Jiří; Šimek, Miloslav; Laughlin, R.J.; Chéneby, D.; Bru, D.; Philippot, L.
Biologické centrum, 2009

Vliv nádrže Orlík na kvalitu vody ve Slapské nádrži
Straškrábová, Viera
2009 - Czech Přísun fosforu (P) do Slapské nádrže byl hodnocen v letech 1959 – 1960 a v letech 1963 – 1964. Po napuštění nádrže Orlíku se koncentrace P ve Slapech snížila a následně došlo ke snížení letního rozvoje fytoplanktonu, zvláště sinicového vodního květu. Dlouhodobě byly hodnoceny zimní koncentrace fosforu a následný sezónní rozvoj fytoplanktonu. V letech 1960 – 1992 zimní koncentrace P vzrůstaly (vliv zvýšení P v detergentech?), pak opět klesaly. Letní koncentrace chlorofylu se zvyšovaly do 2000, pak se postupně snižují (v důsledku meziroční variability zatím neprůkazné). Keywords: phosphorus; chlorophyll; cyanophyceae; long-term changes Available at various institutes of the ASCR Vliv nádrže Orlík na kvalitu vody ve Slapské nádrži

Přísun fosforu (P) do Slapské nádrže byl hodnocen v letech 1959 – 1960 a v letech 1963 – 1964. Po napuštění nádrže Orlíku se koncentrace P ve Slapech snížila a následně došlo ke snížení letního ...

Straškrábová, Viera
Biologické centrum, 2009

Concentrations and forms of phosphorus in the runoff from small agricultural catchments in the catchment of Orlík Reservoir
Richtr, J.; Hejzlar, Josef; Semančíková, E.
2009 - Czech Concentrations of major P forms were monitored in the runoff from 21 small agricultural catchments with dominant arable land or grassland within the basin of Orlík Reservoir during one seasonal cycle. Mean concentrations of dissolved reactive P (DRP) and dissolved non-reactive P (DNP) were low and not differed at the arable land and grassland catchments (DRP 32 and 24 μg/l, DNP 8 and 9 μg/l, respectively). Particulate P (PP) concentrations varied significantly between these two types of catchments (77 and 20 μg/l, respectively). Apparently, PP did not originated from recent erosion of land surface but from sediment resuspension or bank erosion in streams. Significant relationships between P concentrations in oxalate extracts of upper (0–15 cm) and deep (50–70 cm) soil layers and between the phosphate saturation index in the 50–70 cm soil layer and the DRP concentration in runoff demonstrated existence of relationship between soil available P and P concentration in catchment runoff. Během jednoho ročního cyklu byly sledovány koncentrace hlavních forem P v odtocích z 21 malých zemědělských povodí s ornou půdou a trvalými travními porosty (TTP) v povodí nádrže Orlík. Průměrné koncentrace rozpuštěného reaktivního P (RRP) a rozpuštěného nereaktivního P (RNP) byly z hlediska eutrofizace vod nízké a mezi povodími s ornou půdou a TTP se nelišily (RRP 32 a 24 μg/l, RNP 8 a 9 μg/l). Koncentrace P v částicích (PP) se mezi typy povodí lišily průkazně (77 a 20 μg/l). PP v odtocích zjevně nepocházel z eroze půdy v okamžiku odběru, ale z resuspenze sedimentu ve vodotečích, popř. břehové eroze. Byly nalezeny statisticky významné lineární korelace mezi koncentracemi P v oxalátovém výluhu ze svrchních (0-15 cm) a spodních (50-70 cm) půdních vrstev a mezi fosforečnanovým saturačním indexem půdní vrstvy 50-70 cm a koncentrací RRP v odtoku z povodí, což indikuje existenci závislosti koncentrace P v podpovrchovém a podzemním odtoku z povodí na obsahu přístupného P v půdě. Keywords: P transport; eutrophication; agriculture Available at various institutes of the ASCR Concentrations and forms of phosphorus in the runoff from small agricultural catchments in the catchment of Orlík Reservoir

Concentrations of major P forms were monitored in the runoff from 21 small agricultural catchments with dominant arable land or grassland within the basin of Orlík Reservoir during one seasonal cycle. ...

Richtr, J.; Hejzlar, Josef; Semančíková, E.
Biologické centrum, 2009

Sediments of the Orlík resevoir
Borovec, Jakub; Hejzlar, Josef; Jan, Jiří; Mošnerová, P.
2009 - Czech Cílem příspěvku je shrnutí informací o vlastnostech a živinovém režimu sedimentů v podélném profilu nádrže v průběhu vegetační sezóny. Jsou ukázány rozdíly v jejich základním složení a ovlivňování vodního sloupce. Zejména je věnována pozornost rozdílu složení sedimentujících částic a sedimentu, teoretickému uvolňování živin ze sedimentů a jejich potenciálu zadržovat fosfor. Keywords: fractionation; phosphorus; sediments Available at various institutes of the ASCR Sediments of the Orlík resevoir

Cílem příspěvku je shrnutí informací o vlastnostech a živinovém režimu sedimentů v podélném profilu nádrže v průběhu vegetační sezóny. Jsou ukázány rozdíly v jejich základním složení a ovlivňování ...

Borovec, Jakub; Hejzlar, Josef; Jan, Jiří; Mošnerová, P.
Biologické centrum, 2009

The cultivation of bacteria originated in bat guano
Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
2009 - Czech The bat guano represents an important source of organic matter in the oligotrophic caves. The high content of chitin from the remains of digested insect in bat diet causes the slow decomposition of the guano. The bat guano deposits can be auccumulated near the bat colonies during hundreds of years. The bat guano represents unique environment with specific conditions and appropriate composition of bacterial community. In this study, the bacterial communities of the guano from Domica and Ardovská Caves (NP Slovak Karst) were investigated using plate method with six different growing media. Total numbers of cultivable aerobic bacteria in guano were determined on the solid complex medium TSBA (Becton & Dickinson]. Total numbers of cultivable anaerobic bacteria were determined on the DifcoTM Anaerobic agar and blood agar (Schaedler agar with 5% sheep blood). Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid). Keywords: caves; bat guano; bacteria Available at various institutes of the ASCR The cultivation of bacteria originated in bat guano

The bat guano represents an important source of organic matter in the oligotrophic caves. The high content of chitin from the remains of digested insect in bat diet causes the slow decomposition of ...

Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
Biologické centrum, 2009

Detection of microorganisms in the soil using CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ hybridization)
Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
2009 - Czech CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biology tool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (.i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i. included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, Sphingobacteria). Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria. Keywords: cave; bat guano; fluorescence microscopy Available at various institutes of the ASCR Detection of microorganisms in the soil using CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ hybridization)

CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil ...

Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
Biologické centrum, 2009

Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?
Straškrábová, Viera
2009 - Czech Available at various institutes of the ASCR Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?

Straškrábová, Viera
Biologické centrum, 2009

Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování
Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
2009 - Czech Keywords: water framework directive; fish communities; trophic status Available at various institutes of the ASCR Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování

Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
Biologické centrum, 2009

Pollution input and transformation along the longitudinal profile of the Vltava stretch in the Orlík
Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
2009 - Czech In the Vltava inflow to the Orlík reservoir there are recurrently detected not only highest phosphorus concentrations, but also largest amount of bacteria, algae and cyanobacteria. These parameters showed a downstream decreasing trend indicating efficient self-purification processes. However, the key reservoir problem is the fact that (1) the current phosphorus and biomass loads in the inflow river are so high that without their effective reduction in the Vltava and Lužnice watersheds no real improvement in water quality in the main reservoir body can be expected and, moreover, (2) phosphorus accumulating in sediments could release. Ve vltavském rameni Orlíka je v přítoku řeky do nádrže opakovaně nalézána nejvyšší koncentrace nejen živin (zejména fosforu), ale také největší množství bakterií, řas a sinic. Tyto parametry se podél vltavského ramene směrem k hrázi snižují, což indikuje významnou samočisticí schopnost nádrže. Problémem však je, že (1) přísun fosforu a biomasy je tak vysoký, že bez jejich významného snížení opatřeními v povodí řek Vltavy a Lužnice nelze docílit zlepšení kvality vody v hlavním tělese nádrže, a navíc (2) odstraněný fosfor končí v sedimentech odkud se v budoucnu může uvolňovat. Keywords: phosphorus; reservoir remediation; microbial activity Available at various institutes of the ASCR Pollution input and transformation along the longitudinal profile of the Vltava stretch in the Orlík

In the Vltava inflow to the Orlík reservoir there are recurrently detected not only highest phosphorus concentrations, but also largest amount of bacteria, algae and cyanobacteria. These parameters ...

Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
Biologické centrum, 2009