Mezimolekulové interakce v nanomateriálech
KOCMAN, Mikuláš; JUREČKA, Petr; JUREČKA, Petr
2014 - anglický V první části disertační práce byl popsán mechanismus procesu exfoliace grafenu v různých rozpouštědlech. Pomocí nástrojů molekulového modelování byla vyšetřena role (často opomíjených) elektrostatických interakcí s návrhem, jak by tyto interakce měly být zahrnuty v molekulární dynamice simulacích molekul na bázi grafenu. Druhá část práce se zaměřuje na získání přesných mezimolekulových energií mezi grafenem a jeho deriváty s molekulárním vodíkem a následné hodnocení přesnosti současných DFT funkcionálů včetně empirických a neempirických disperzních korekcí. Třetí část disertační práce byla zaměřena na popis mezimolekulových interakcí grafenu s malými organickými molekulami s důrazem na srovnání experimentálních hodnot adsorpčních entalpií a možnost jejich přesných předpovědí prostřednictvím teoretických výpočtů. Graphene is a novel two-dimensional material consisting of carbon atoms arranged in a honeycomb lattice. The aim of the first part of my PhD thesis is to describe the mechanism of exfoliation process in various solvents with the tools of molecular modelling, investigate the role of (often neglected) electrostatic interactions and propose the way these interactions should be treated in molecular dynamics simulations involving graphene. Second part of this thesis will focuse on obtaining accurate intermolecular interaction energies of graphene and its derivatives with molecular hydrogen and assessment of accuracy of current DFT functionals including empirical and nonempirical dispersion corrections. Understanding adsorption properties of graphene may be important in various nanotechnological and sensing applications. In the third part of my thesis I will focus on describing intermolecular interactions of graphene with small organic molecules and possibility of accurate predictions of adsorption enthalpies by means of theoretical calculations. Klíčová slova: Metody funkcionálu husoty; interakční energie; grafen; adsorpce; molekulové modelování; silové pole; Density Functional Theory; interaction energy; graphene; adsorption; molecular modeling; force field Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Mezimolekulové interakce v nanomateriálech

V první části disertační práce byl popsán mechanismus procesu exfoliace grafenu v různých rozpouštědlech. Pomocí nástrojů molekulového modelování byla vyšetřena role (často ...

KOCMAN, Mikuláš; JUREČKA, Petr; JUREČKA, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2014

Jazykový kontakt španělštiny a angličtiny v USA
JOHNSON, Eva; ČERNÝ, Jiří; ČERNÝ, Jiří
2011 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Jazykový kontakt španělštiny a angličtiny v USA

JOHNSON, Eva; ČERNÝ, Jiří; ČERNÝ, Jiří
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Subcelulární distribuce cytokininů v rostlinách
JISKROVÁ, Eva; FRÉBORT, Ivo
2016 - anglický Tato práce je zaměřena na stanovení obsahu cytokininů na buněčné úrovni u modelových rostlin Arabidopsis thaliana a Hordeum vulgare (ječmen). Rešerše v teoretické části se věnuje základní charakteristice cytokininů, jejich metabolismu a biologickým účinkům. Větší důraz je kladen na výskyt a metabolismus cytokininů uvnitř buňky. Praktická část obsahuje výsledky izolace protoplastů a vakuol z listů A. thaliana a ječmene, ve kterých byla následně stanovena hladina cytokininů. Pro izolaci protoplastů a vakuol, založené na enzymatickém odstranění buněčné stěny a následné separaci organel pomocí hustotního gradientu, byly použity 2 genotypy A. thaliana (wild type a mutantní forma wat1-1) a 3 genotypy ječmene (wild type, AtCKX1, HvCKX1). Ve vzorcích listů a získaných protoplastů a vakuol byla následně stanovena koncentrace 25 jednotlivých typů cytokininů pomocí UHPLC-MS/MS. Zjištěné množství cytokininů bylo porovnáno pomocí obsahu tonoplastové V-ATPasy a hodnoty byly následně vztaženy na extracelulární prostor, cytosol a vakuoly. Nejvyšší podíl cytokininů byl v případě Arabidopsis i ječmene mimo buňku, až 90 %, s majoritním zastoupením O- a N-glykosidů; přibližně 5 % cytokininů bylo poté obsaženo v cytosolu a ve vakuolách. V listech Arabidopsis byly nejpočetnější inaktivní formy cytokininů, převážně tZ7G, tZ9G and iP7G. Mutantní linie wat1-1 vykazovala oproti wild type formě výrazně vyšší obsah extracelulárního iP a iPR, obsah tZ glukosidů a iP glukosidů zůstal nezměněn. U obou linií A. thaliana byly porovnatelné hladiny derivátů DHZ a cZ, pouze v případě extracelulárního cZROG a cytosolárního cZR byl u wat1-1 detekován 5-násobný a 3-násobný nárůst. V případě ječmene byly pro stanovení hladiny cytokininů použity mladé listy. Celkový obsah cytokininů byl pro obě transgenní linie srovnatelný a v porovnání k wild type formě byl o trochu nižší. Nejvyšší rozdíl byl nalezen u extracelulárního tZ9G, kdy došlo u AtCKX1 i HvCKX1 k více než 50% poklesu. Linie AtCKX1 také vykázala 4x nižší obsah tZ mimo buňku a virtuálně žádný tZ uvnitř buňky. Oproti tomu obě transgenní linie obsahovaly dvakrát vyšší obsah extracelulárního iP a vakuolárního iPR. Přibližně 10% nárůst byl také detekován u cZOG mimo buňku. Metodu pro stanovení obsahu cytokininů popsanou v této práci je možné použít i pro analýzu dalších rostlinných hormonů možnost oddělit buněčné organely lze využít při studiu lokalizace, transportu a percepce fytohormonů v rostlinách. This thesis is focused on uncovering cytokinin distribution at cellular level for model plant Arabidopsis thaliana and Hordeum vulgare. The theoretical part deals with the general characterization of cytokinins, their metabolism and biological effects. The special attention is paid to the cellular localization of cytokinins and enzymes involved in their metabolism. The experimental part shows the results of the isolation of intact protoplasts and vacuoles obtained from leaves of A. thaliana and barley and the subsequent determination of cytokinin contents. Two genotypes of A. thaliana (wild type and wat1-1) and three genotypes of barley (wild type, AtCKX1, HvCKX1) were used for protoplasts and vacuoles isolations based on enzymatic removal of cell walls and separation of cell compartments at the Ficoll density gradient. Then, totally 25 unique cytokinin types were determined by UHPLC-MS/MS in the leaves and obtained protoplasts and vacuoles. Cytokinin quantities in extracellular space, cytosol and vacuoles were compared using tonoplast V-ATPase as a marker. The highest portion of cytokinins, almost 90 %, was located outside the cell in both plant species, with majority of O- and N-glycosides, while cytosol and vacuoles held approx. 5 % of total cytokinins each. In Arabidopsis matured leaves, the most abundant cytokinins were the inactive forms, especially tZ7G, tZ9G and iP7G. The wat1-1 mutant differed from the wild type by a significantly higher content of extracellular tZ and intracellular iP and iPR while the content of tZ and iP glucosides were unchanged. The levels of DHZ and cZ types were comparable for wild type and wat1-1, except the 5-fold and 3-fold increase of extracellular cZROG and cytosolic cZR in wat1-1. In barley young leaves, the total content of cytokinins was for AtCKX1 and HvCKX1 mutant lines comparable to each other and, in the same time, slightly lower than a wild type. The highest divergence was detected for the extracellular tZ9G with more than 50% decline in both transgenic lines. The AtCKX1 mutant showed about 4-fold decreased content of tZ in the extracellular space while intracellular tZ was virtually absent. Contrary to that, the 2-fold increase of extracellular iP and vacuolar iPR was detected in both mutants. Approx. 10% rise was also found for cZOG occurring in extracellular space of mutant lines. The developed experimental method can be applied to hormone analysis in general; the ability to separate some cellular compartments can help to understand to their localization, transport and perception in plants. Klíčová slova: Arabidopsis thaliana; cytokininy; ječmen; protoplasty; vakuola; V-ATPáza; wat1-1; Arabidopsis thaliana; barley; cytokinins; protoplasts; vacuoles; V-ATPase; wat1-1 Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Subcelulární distribuce cytokininů v rostlinách

Tato práce je zaměřena na stanovení obsahu cytokininů na buněčné úrovni u modelových rostlin Arabidopsis thaliana a Hordeum vulgare (ječmen). Rešerše v teoretické části se věnuje základní ...

JISKROVÁ, Eva; FRÉBORT, Ivo
Univerzita Palackého v Olomouci, 2016

Interpersonální dimenze v novinové zprávě
MOLNÁR, Ondřej; TÁRNYIKOVÁ, Jarmila
2017 - anglický Předložená disertační práce se věnuje interpersonální dimenzi v novinové zprávě z pohledu žánrové analýzy. Interpersonální metafunkce je součástí každé lidské komunikace a může být studována z mnoha hledisek. Záběr předložené disertační práce byl vymezen následujícími oblastmi zájmu, které byly rozpracovány v jednotlivých kapitolách práce: 4. rétorika zpravodajských hodnot (news values) jak v psaném textu, tak v obrazovém vyjádření (tedy ve fotografiích novinové zprávy); 5. rétorika a významy obrazového materiálu v novinové zprávě; 6. rétorika titulků a novinové zprávy z pohledu textové struktury a jejich potenciál interaktivnosti. První kapitola disertační práce představuje metodologický rámec výzkumu. Druhá kapitola se zabývá problematikou zpravodajských hodnot, které jsou autorem práce chápány jako hodnoty, které jednotlivé proběhnuvší události posouvají do oblasti zpravodajství. Z tohoto pohledu zpravodajské hodnoty jsou interpersonálně laděné, protože si kladou za cíl přitáhnout pozornost čtenáře ke konkrétní novinové zprávě. Třetí kapitola představuje metafunkční přístup k analýze obrazového materiálu (fotografií) v novinové zprávě, přičemž si klade za cíl přispět k hlubšímu pochopení procesů a významů ve fotografiích tohoto žánru (optikou reprezentačních [representational], interakčních [interactional] a kompozičních [compositional] významů). Vedle analýzy kompozice dle Kressa a van Leeuwena (2006), kterou autor práce hodnotí jako zastaralou a nefunkční, jsou navíc všechny fotografie analyzovány perspektivou tzv. systému rovnováhy (the Balance network; Caple [2013]), která analyzuje obrazový material i z pohledu obrazové rovnováhy (symetrie, asymetrie, etc.). Kapitola čtvrtá se zabývá časovou deixí a její úlohou v novinové zprávě. Klade si za cíl ukázat, jakým způsobem je časovost "kódována" v novinové zprávě a do jaké míry jsou posuny v kategorii času (přítomný prostý čas v nadpise zprávy [headline], předpřítomný čas v první větě zprávy [lead] a minulý prostý v těle zprávy [body copy]) pragmaticky motivovány snahou sdílet časový kontext se čtenáři. The present dissertation deals with the interpersonal dimension in the hard news story genre. However, There is no doubt the interpersonal metafunction pervades all human communication and can be studied from different perspectives. Thus, the following areas of interest delimit the scope of the present research project. They include: 1. The rhetoric of newsworthiness both in the verbal and visual modality. 2. The rhetorical organization and meaning-making of news images. 3. The rhetoric of headlines as well as the textual rhetoric of news texts as interactive devices. While Chapter one offers the methodological framework and concepts of the present study, Chapter two deals with the rhetoric of newsworthiness. The notion of newsworthiness is understood here as the ability of news values to make an event worthy of being news. As such it represents an interpersonally-oriented phenomenon, the aim of which is to draw the readers' attention. Chapter three presents a metafunctional approach to the analysis of news images in the hard news story genre. Its primary aim is to contribute to a better understanding of meaning-making processes of news storytelling (viewed simultaneously through representational, interactional and compositional meanings). In addition to that, all images in the data set are analysed for their compositional configurations following the Balance network, which takes into account the balance of each news image. Chapter four deals with the pragmatic category of deixis as one of the many above mentioned aspects of communication. The aim of the chapter is to show how temporality is encoded in news stories and how shifts of grammatical tense are pragmatically motivated by the need to negotiate a shared temporal context with the readers. Klíčová slova: zpravodajské hodnoty; mediální diskurs; žánr novinové zprávy; žánrová analýza; multimodalita; pragmatika; časová deixe.; news values; media discourse; hard news story genre; genre analysis; multimodality; pragmatics; temporal deixis. Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Interpersonální dimenze v novinové zprávě

Předložená disertační práce se věnuje interpersonální dimenzi v novinové zprávě z pohledu žánrové analýzy. Interpersonální metafunkce je součástí každé lidské komunikace a může být studována ...

MOLNÁR, Ondřej; TÁRNYIKOVÁ, Jarmila
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Expresní profilování vybraných imunitních molekul v periprotetické tkáni v okolí asepticky odloučených totálních endoprotéz
DÝŠKOVÁ, Tereza; KRIEGOVÁ, Eva; ČERMÁKOVÁ, Zuzana; BUCOVÁ, Mária
2015 - anglický Periprotetická osteolýza (PPOL) a aseptické uvolnění (AU) patří mezi nejzávažnější pozdní komplikace totální endoprotézy (TEP) kolena a kyčle. Přestože patomechanismus PPOL/AU není stále popsán, ukazuje se, že klíčovou roli hrají otěrové částice, jež se uvolňují z povrchů kloubních náhrad a stimulují buňky okolních tkání k produkci pro-zánětlivých cytokinů a dalších regulačních molekul, které následně podporují diferenciaci osteoklastů a resorpci kosti. V současné době existují stále omezené informace o molekulách/dráhách, které přispívají k různým stádiím PPOL/AU, zvláště u TEP kolena. V naší studii jsme se tedy zaměřili na vyšetření expresního profilu souboru zánětlivých a osteoklastogenních molekul v periprotetických tkáních v okolí asepticky odloučených TEP kolena a kyčle, a osteoartritid kolena a kyčle. Genový expresní profil byl studován pomocí kvantitativní RT-PCR, k vyšetření proteinové exprese kandidátních molekul pak byla využita imunohistochemie, ELISA a nová technologie "Antibody-based Proximity Extension Assay". Abychom získali více znalostí o individuální predispozici k PPOL/AU, vyšetřili jsme expresní profil zánětlivých cytokinů produkovaných mononukleárními buňkami periferní krve po stimulaci zánětlivým lipopolysacharidem pomocí metody Luminex a ELISA u pacientů se závažnou a mírnou osteolýzou a u podskupin pacientů dle přítomnosti TNF-238*A, alely asociované se závažnou osteolýzou. Při porovnání expresních profilů u TEP kolena a kyčle jsme pozorovali rozdíl v expresi CCL3, chemoatraktantu klíčového při iniciálních stádiích komplikací TEP kolena, a DC-STAMP, důležitého regulátoru fúze buněk a diferenciace osteoklastů do obrovských mnohojaderných buněk, zodpovědných za resorpci kosti. Dále byl na základě našich dat nominován NF-kB jako možný regulátor procesů vedoucích k rozvoji osteolýzy; výraznější role tohoto transkripčního faktoru v časných stádiích aseptické osteolýzy v porovnání s pozdními stádii osteolýzy naznačuje potenciální využití NF-kB jako terapeutického a profylaktického cíle u pacientů s TEP kolena a kyčle. Naše studie také ukázala, že pozdní stádia PPOL/AU u TEP kolena jsou charakterizována vyšší proteinovou expresí některých imunitních molekul, jako jsou Amphiregulin, sTNF-R2, BAFF and Kallikrein-6, ve srovnání s časnou osteolýzou. Dále jsme pozorovali rozdílný cytokinový expresní profil u stimulovaných mononukleárních buněk periferní krve získaných u pacientů s TEP kyčle se závažnou osteolýzou při porovnání s mírnou osteolýzou, a také při porovnání podskupin pacientů dle přítomnosti rizikové TNF-238*A alely. Závěrem tedy můžeme říci, že naše studie ukázala rozdíly v expresních profilech u TEP kolena a kyčle, přičemž byly pozorovány snížené hladiny CCL3 a DC-STAMP u TEP kolena. Dále byl na základě našich dat nominován NF-kB jako možný regulátor časných stádií PPOL/AU, což naznačuje jeho potenciální využití jako terapeutického/profylaktického cíle u pacientů s TEP kolena a kyčle. Naše studie dále ukázala zvýšenou expresi některých imunitních molekul v pozdních stádiích PPOL/AU; tyto molekuly budou jistě předmětem dalšího studování. Navíc jsme pozorovali pozměněný cytokinový expresní profil u pacientů s TEP kyčle se závažnou/mírnou osteolýzou a při porovnání nosičů/nenosičů TNF-238*A alely, asociované se závažnou osteolýzou. Periprosthetic osteolysis (PPOL) and aseptic loosening (AL) are major long-term complications of total knee (TKA) and hip (THA) arthroplasty. Although the exact pathomechanism of PPOL/AL is still unknown, there is growing body of evidence that the wear particles, deliberating from the implant surface, stimulate the surrounding tissue cells to release pro-inflammatory cytokines and other regulatory factors, which in turn promote osteoclast differentiation and subsequent bone resorption. To date, there is still limited information on the molecules/pathways contributing to various stages of PPOL/AL, especially in TKA. Our study thus aimed to investigate the expression pattern of a comprehensive set of inflammatory and osteoclastogenic molecules in periprosthetic tissues from aseptically loosened TKA, THA, knee and hip osteoarthritis. The gene expression profiles were assessed using quantitative RT-PCR, the protein expression of candidate molecules was assessed using immunohistochemistry, ELISA, and novel Antibody-based Proximity Extension Assay. In order to get more insight into the individual predisposition to PPOL/AL, the cytokine expression pattern of pro-inflammatory cytokines produced by stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) was investigated using Luminex and ELISA in patients with various stages of osteolysis and in patient subgroups according to the presence of TNF-238*A, an allele associated with severe osteolysis. When comparing the expression pattern in TKA and THA, we revealed a difference in expression of CCL3, a chemoattractant crucial for the initial stages of TKA complications, and DC-STAMP, a critical regulator of cell-cell fusion and differentiation of osteoclasts into multinucleated giant cells. Comparing tissues from aseptically failed knee and hip arthroplasty, we discovered differences in number, size and number of nuclei in osteoclast-like giant cells, a population responsible for bone resorption. Further, our data nominated NF-kB as possible regulator of processes leading to the development of osteolysis, as shown by more pronounced role in earlier preosteolytic stages of aseptic osteolysis comparing to late osteolytic stages, thus suggesting this transcription factor as a potential therapeutic or prophylactic target for patients with TKA and THA. Our study also showed that late stages of PPOL/AL in TKA are characterized by higher expression of certain immune-related proteins, such as Amphiregulin, sTNF-R2, BAFF and Kallikrein-6, when comparing to early-osteolysis. In addition, the alteration in cytokine-expression pattern was observed in stimulated PBMCs obtained from THA patients with severe osteolysis comparing to mild osteolysis as well as in subgroups of patients according to the presence of a risk TNF-238*A allele. In conclusion, our study revealed different expression profiles in TKA and THA, with decreased levels of CCL3 and DC-STAMP expression in TKA. Moreover, our data nominated NF-kB as possible regulator of early preosteolytic stages of PPOL/AL, suggesting it as a potential therapeutic/prophylactic target for patients with TKA and THA. Further, our study revealed upregulation of certain immune-related proteins in late stages of PPOL/AL, which deserves further investigation. In addition, we reported altered cytokine-expression signature between severe/mild osteolysis and carriers/non-carriers of TNF-238*A, an allele associated with high risk of aseptic osteolysis. Klíčová slova: totální endoprotéza kolena/kyčle; osteolýza; aseptické uvolnění; expresní profilování; cytokiny; genetická predispozice; total knee/hip arthroplasty; osteolysis; aseptic loosening; expression profiling; cytokines; genetic predisposition Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Expresní profilování vybraných imunitních molekul v periprotetické tkáni v okolí asepticky odloučených totálních endoprotéz

, jež se uvolňují z povrchů kloubních náhrad a stimulují buňky okolních tkání k produkci pro-zánětlivých cytokinů a dalších regulačních molekul, které následně podporují diferenciaci osteoklastů a ...

DÝŠKOVÁ, Tereza; KRIEGOVÁ, Eva; ČERMÁKOVÁ, Zuzana; BUCOVÁ, Mária
Univerzita Palackého v Olomouci, 2015

Metabolismus a funkce cytokininů v houbách z řádu Hypocreales a identifikace transportéru auxinu v Claviceps purpurea
VRABKA, Josef; FRÉBORTOVÁ, Jitka
2019 - anglický Předkládaná disertační práce je zaměřena na rostlinné hormony cytokiny a auxiny u vláknitých hub z řádu Hypocreales a sestává ze čtyř částí. První část práce slouží k seznámení se zkoumanými houbovými organismy a shrnuje současné informace o metabolismu, transportu a signalizaci cytokininů a auxinů, zároveň je popsána jejich role v interakci s mikroorganismy. Cílem druhé části práce je studium role cytokininů u houby Claviceps purpurea. Byla sledována odezva v expresi vybraných genů zapojených do metabolismu cytokininů u hostitelského rostliny žita (Secale cereale) pomocí kvantitativní real-time PCR (qPCR), zároveň byly změřeny hladiny cytokininů v různých fázích infekce u napadených a kontrolních rostlin. V genomu C. purpurea byly odhaleny geny s předpokládaným zapojením do biosyntézy cytokininů. Jejich funkce byla potvrzena heterologní expresí v Escherichia coli, purifikací pomocí afinitní chromatografie a biochemickou charakterizací. Byla stanovena rychlost enzymatické reakce a substrátová preference. Pro další ověření byly geny transformovány do rostlin Arabidopsis thaliana s expresí řízenou konstitutivním promotorem a sledována změna fenotypu. Třetí část je zaměřena na sledování exprese genů de novo biosyntézy cytokininů u vybraných druhů rodu Fusarium během infekce semenáčků kukuřice (Zea mays). Zároveň byla hodnocena i změna exprese genů biosyntézy a degradace cytokininů u napadených rostlin. Poslední část je věnována identifikaci předpokládaného auxinového transportéru u C. purpurea. Homologní rekombinací byli připraveni deleční mutanti, u kterých byly stanoveny hladiny auxinů. Pro určení subcelulární lokalizace bylo využito pozorování fúzního proteinu s GFP pomocí fluorescenční mikroskopie. Pravděpodobná funkce byla ověřena transformací A. thaliana a následnou fenotypizací homozygotních linií. Presented thesis is focused on plant hormones cytokinins and auxins in filamentous fungi from order Hypocreales and consists of four parts. The first part of the work is introduces studied fungal organisms and summarizes current information about the metabolism, transport and signaling of cytokinins and auxins, concurrently describing their role in interaction with microorganisms. The aim of the second part is to study the role of cytokinins in Claviceps purpurea. Response in expression of selected genes involved in cytokinin metabolism in rye host plant (Secale cereale) was followed using quantitative real-time PCR (qPCR), and cytokinin levels were measured at various stages of infection in infected and control plants. Genes with putative function in cytokinin biosynthesis were detected in the C. purpurea genome. Their function was confirmed using heterologous expression in Escherichia coli and subsequent purification by affinity chromatography followed by biochemical characterization. The rate of enzymatic reaction and substrate preference was determined. For further verification, the genes were transformed into Arabidopsis thaliana under the control of constitutive promotor and the change in phenotype was observed. The third part is focused on the expression of de novo cytokinin biosynthesis genes in selected Fusarium species during infection of maize seedlings (Zea mays). At the same time, the change in cytokinin biosynthesis and degradation genes in infected plants was also followed. The last part is devoted to identification of putative auxin transporter in C. purpurea. Deletion mutants were prepared by homologous recombination and auxin levels were determined. Subcellular localization was observed with the GFP fusion protein by fluorescence microscopy. The predicted function was verified by transformation of A. thaliana and subsequent phenotyping of homozygous lines. Klíčová slova: Cytokininy; auxiny; Claviceps; Fusarium; metabolismus; transport; Cytokinins; auxins; Claviceps; Fusarium; metabolism; transport Plné texty jsou dostupné v knihovně UPOL. Metabolismus a funkce cytokininů v houbách z řádu Hypocreales a identifikace transportéru auxinu v Claviceps purpurea

metabolismu, transportu a signalizaci cytokininů a auxinů, zároveň je popsána jejich role v interakci s mikroorganismy. Cílem druhé části práce je studium role cytokininů u houby Claviceps ...

VRABKA, Josef; FRÉBORTOVÁ, Jitka
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Subverzivní techniky a postavy v Shakespearových historických hrách
LIVINGSTONE, David Verwer Coltman; PEPRNÍK, Michal; PEPRNÍK, Michal
2011 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Subverzivní techniky a postavy v Shakespearových historických hrách

LIVINGSTONE, David Verwer Coltman; PEPRNÍK, Michal; PEPRNÍK, Michal
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii
MOŤKA, Libor; ŘEHÁČEK, Jaroslav; ŘEHÁČEK, Jaroslav
2019 - anglický Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a příslušnému měření částečně koherentního signálu. V práci je rovněž analyzována metoda data-pattern společně se standardní tomografií detektoru. Dále je popsán algoritmus optimalizující metodu data-pattern, jehož efektivita byla testována na odpovídající numerické simulaci. Metoda data-pattern byla využita v rámci rekonstrukce neklasického stavu světla z dat zaznamenaných časově multiplexovaným měřením. Práce rovněž obsahuje analýzu úplnosti některých rekonstrukčních technik. This Thesis is focused on a theoretical research in the field of tomographic techniques aiming to reconstruct difficult to measure light properties. Particular attention is paid to the Shack-Hartmann wavefront tomography and corresponding coherence measurement. Data-pattern technique is analyzed along with the standard detector tomography. The efficient algorithm for optimizing data-pattern tomography is proposed and tested on a relevant numerical simulation. We also present the reconstruction of a nonclassical light measured by a time multiplexed detection. The thesis also includes a completeness analysis of some reconstruction approaches. Klíčová slova: Kvantová tomografie; rekonstrukce kvantového stavu; Shack-Hartmannův senzor; detekce vlnoplochy; Fisherova informce; data-pattern metoda.; Quantum tomography; quantum state reconstruction; Shack-Hartmann sensor; wavefront measurement; Fisher information; data-pattern method. Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii

Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a ...

MOŤKA, Libor; ŘEHÁČEK, Jaroslav; ŘEHÁČEK, Jaroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Metabolomické nástroje v diagnostice dědičných metabolických poruch
NAJDEKR, Lukáš; ADAM, Tomáš; LEMR, Karel; ŠIMEK, Petr
2017 - anglický Enzymy jsou biologické katalyzátory schopné přeměňovat substrát na produkt s vysokou efektivitou. Tato skupina se skládá převážně z proteinů (výjimkou je několik katalyticky aktivních RNA) a ovlivňuje nespočet substrátů (aminokyseliny, cukry, organické kyseliny, mastné kyseliny, komplexní lipidy, puriny, porfyriny atd.). V lidském genomu existuje více než 5000 genů kódujících enzymy, a proto existují stovky defektů lidských enzymů tzv. enzymopatie. Tato práce se věnuje studiu nových metabolomických přístupů v diagnostice dědičných metabolických poruch, které tvoří podstatnou část těchto enzymopatií. Deficit acyl-CoA dehydrogenázy mastných kyselin se středně dlouhým řetězcem (MCADD) je defekt v beta-oxidaci mastných kyselin. V první části je uvedeno použití kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) na bázi necílené metabolomiky a cílené "flow-injection" analýzý za pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie (FIA-TMS), které vedly k objevení sloučenin produkované oxidačním stresem. Suché krevní skvrny kontrol (n = 25) a pacientů (n = 25) byly extrahovány směsi methanol / voda (1/1, v / v), a supernatanty byly analyzovány metodou LC-MS s detekcí na Orbitrap Elite MS. Data byla zpracována v XCMS a CAMERA a následně pomocí statistických metod redukujících dimenze. V PCA analýze byli pacienti jasně odlišení od kontrol. S-plot odvozený od OPLS-DA odhalil, že oktanoyl, decenoyl a dekanoyl karnitiny, jakož i tři fosfatidylcholiny (PC (16: 0,9: 0 (COOH)), PC (18: 0,5: 0 (COOH)) a PC (16: 0,8: 0 (COOH)) byly nejvíce ovlivňují metabolity. Pro ověření biologické validity těchto fosfatidylcholinů byla analyzována druhá skupina jednotlivců (pacienti (n = 25) a kontroly (n = 250). Vzorky byly měřeny pomocí modifikované metody novorozeneckého screeningu s použitím FIA-TMS (API 4000, AB Sciex) v režimu MRM. Vypočítané p-hodnota (nemám rád p-value) pro PC(16: 0,9: 0 (COOH)), PC (18: 0,5: 0 (COOH)) a PC (16: 0,8: 0 (COOH)) byly 1,927 x 10-14, 2,391 x 10-15 a 3,354 x 10-15, postupně. V další části je popisován nový způsob pro identifikaci nových potenciálních biomarkerů. Deficit adenosin deaminázy (ADA), patří do různých skupiny dědičných poruch metabolismu purinů. Tato onemocnění projevují velké množství neurologických, imunologických, hematologických a renálních projevů. Byl použit nový přístup spektrálních stromů (www.mzcloud.org), který používá k identifikaci různých metabolických modifikací vícestupňovou fragmentaci. Tento přístup nám umožňuje pomocí MSn a tzv. "zdola-nahoru" strategii zjistit jednotlivé metabolické modifikace a získat tak kompletní strukturu molekuly. Data byla naměřena za použití cíleného metabolomického přístupu pomocí UHPLC-MS Orbitrap Elite. Údaje byly vyhodnoceny softwarem Compound Discoverer 1.0.0.692 (Thermo Fisher Scientific, USA). Počet potenciálních metabolitů adenosinu a deoxyadenosinu zjištěných Compound Discovererem byl 23 (12 jedinečných hodnoty m/z). Tři struktury metabolitů byly určeny na Level 1 MSI. Zároveň byla také dokázána důležitost multistupňové fragmentace MSn. V budoucnu by tato metoda mohla představovat významný nástroj pro identifikaci metabolitů nebo malých molekul s diagnostickým potenciálem. Cílem třetí části této práce bylo popsat vliv rozlišovací schopnosti hmotnostního spektrometru u metabolomických experimentů. In silico výpočty založené na seznamu látek složeného z databází (HMDB, KEGG, LipidMaps) vycházely 15 722 unikátních hmot bez isobarů. Počet rozlišitelných hmot byl vypočten pro rozlišení až 3840k. Vzorky lidské plazmy byly analyzovány za použití UHPLC-MS Orbitrap Elite v rozlišení až 480k. V In silico výpočtech se počet rozlišitelných hmot přestal zvyšovat při rozlišení 240k. Reálné experimenty na plazmě ukázaly stejný tvar křivky s inflexním bodem při 60 - 120K rozlišení a počet pozorovaných "features" byl více než 4k. Výsledky naznačují, že rozlišení mezi 60 - 120k je třeba pro analýzu v metabolitů v bohatých biotekutinách. Enzymes are biological catalysts capable of substrate conversion into a product with high efficiency. The group is mainly consisted of proteins (exceptions are few catalytic RNA) and it is influencing a vast number of substrates (amino acids, sugars, organic acids, fatty acids, complex lipids, purines, porphyrins, etc.). In human genome, there are over 5000 genes coding enzymes, therefore there are hundreds of human enzyme defects enzymopathies. This work is dedicated to study new metabolomic approaches for diagnosing inborn errors of metabolism which forms a major part of these enzymopathies. Medium chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MCADD) is a defect in -oxidation of fatty acids. In the first part it is reported the use of liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) based untargeted metabolomics and targeted flow injection analysis-tandem mass spectrometry (FIA-TMS) that lead to discovery of novel compounds of oxidative stress. Dry blood spots of controls (n=25) and patients (n=25) were extracted by methanol/water (1/1, v/v) and these supernatants were analysed by LC-MS method with detection by an Orbitrap Elite MS. Data were processed by XCMS and CAMERA followed by dimension reduction methods. Patients were clearly distinguished from controls in PCA. S-plot derived from OPLS-DA indicated that octanoyl, decenoyl and decanoyl carnitines as well as three phosphatidylcholines (PC(16:0,9:0(COOH)), PC(18:0,5:0(COOH)) and PC(16:0,8:0(COOH)) were the most influencing metabolites. To biologically validate these phosphatidylcholines a second cohort of individuals were analysed (patient (n=25) and control (n=250) samples). These were measured by a modified newborn screening method using FIA-TMS (API 4000) in MRM mode. Calculated p-values for PC(16:0,9:0(COOH)), PC(18:0,5:0(COOH)) and PC(16:0,8:0(COOH)) were 1.927×10-14, 2.391×10-15 and 3.354×10-15 respectively. Next part is reporting new way for identification of novel potential biomarkers. Adenosine deaminase deficiency (ADA) belongs to the various group of inborn errors of purine metabolism. These diseases express large variety of neurological, immunological, hematological and renal manifestations. Novel approach of spectral trees (www.mzcloud.org), which uses multistage fragmentation to identify different metabolic modifications, was used. This approach allows us to see the unmodified structure of the metabolite at lower MSn level and by "bottom-up" strategy get the individual metabolic modifications thus identifying the molecule. Data were acquired using untargeted metabolomics approach by UHPLC coupled with Orbitrap Elite. Data were evaluated by Compound Discoverer 1.0.0.692 (Thermo Fisher Scientific, USA). Number of potential metabolites of adenosine and deoxyadenosine found by Compound Discoverer was 23 (12 unique m/z values). Three metabolite structures were successfully annotated according to Level 1 of MSI. The importance of MSn level was shown using spectral trees. In the future this method can represent significant tool for identification of metabolites and/or small molecules with diagnostic potential. The aim of the third part of this work was to describe influence of mass resolution on exact MS metabolomic experiments. In silico calculations based on combined peaklist (HMDB, KEGG, LipidMaps) database determined 15 722 unique masses without isobars. Number of distinguishable masses was calculated for up to 3840k resolution. Plasma samples were run LC-MS using Orbitrap Elite at up to 480k resolution. In silico, the number of unique masses plateaued at the inflection point of 240k resolution. Real plasma experiments showed - same curve shape with inflection point at 60 - 120k resolution and number of observed features above 4k. Results suggest that resolution between 60 - 120k is needed for the analyses in metabolite rich biofluids. Klíčová slova: Metabolomika; hmotnostní spektrometrie; Orbitrap; vrozené poruchy metabolismu; MCADD; ADA; spektrální stromy; Metabolomics; mass spectrometry; Orbitrap; inborn errors of metabolism; MCADD; ADA; spectral trees Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři UPOL. Metabolomické nástroje v diagnostice dědičných metabolických poruch

, organické kyseliny, mastné kyseliny, komplexní lipidy, puriny, porfyriny atd.). V lidském genomu existuje více než 5000 genů kódujících enzymy, a proto existují stovky defektů lidských ...

NAJDEKR, Lukáš; ADAM, Tomáš; LEMR, Karel; ŠIMEK, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

EKOLOGIE POLYPLOIDNÍHO KOMPLEXU ALLIUM OLERACEUM L. V ČESKÉ REPUBLICE
FIALOVÁ, Martina; DUCHOSLAV, Martin; DUCHOSLAV, Martin
2013 - anglický Polyploidie označující organismy s více než dvojnásobným počtem chromosomových sad je považována za hlavní zdroj evoluce rostlin. Oproti dřívějším odhadům počtu polyploidních organismů se v současnosti ukazuje, že procesem polyploidizace prošly v minulosti v podstatě všechny rostliny. Polyploidie ovlivňuje genetickou a genomickou strukuru a fenotyp organismu, což může následně ovlivňovat další vlastnosti druhu na dalších úrovních. Jednotlivé cytotypy mohou vykazovat morfologické, reprodukční, geografické či ekologické odlišnosti. Jako modelový organismus byl zvolen česnek planý (Allium oleraceum L.), který představuje polyploidní komplex zastoupený na území České republiky přítomností tetraploidních (2n = 4x = 32), pentaploidních (2n = 5x = 40) a hexaploidních (2n = 6x = 48) cytotypů rostoucích v cytotypově čistých i smíšených populacích. Jeho rozšíření zahrnuje celé území České republiky. Allium oleraceum je druh charakteristický schopností rozmnožování pomocí nadzemních vegetativních pacibulí a sexuálních semen vytvářejících se v květenství a také pomocí vegetativních podzemních dceřinných cibulí. Výběr populací pro dílčí části této práce probíhal na základě dříve vytvořené databáze populací se známou ploidní úrovní. Snahou bylo rovnoměrně zachytit celé spektrum cytotypů zastoupených na území České republiky. Ploidní úroveň těchto populací byla znovu ověřena použitím průtokové cytometrie. Jednotlivé cytotypy se mezi sebou odlišují v reprodukčních charakteristikách, konkrétně v počtech rozmnožovacích propagulí. Tetraploidní cytotyp produkoval nejvyšší množství propagulí. Produkce květů a semen u hexaploidů byla extrémně nízká. Na rozdíl od produkce pacibulí však byla produkce semen nízká u všech zkoumaných cytotypů. Nicméně bylo prokázáno, že životaschopná semena produkují všechny cytotypy. Produkce propagulí je ovlivněna velikostí mateřské rostliny. Shodný pattern lze zaznamenat jak v přirozených populacích, tak i v podmínkách experimentální zahrady. I přes prokázané rozdíly však existuje velký překryv v jednotlivých znacích a na jejich základě nelze jednotlivé cytotypy spolehlivě rozlišit. Nalezeny byly rozdíly v klíčení semen a pučení pacibulek, lépe pučely pacibulky. Rozdíly mezi cytotypy byly zaznamenány pouze u pučení pacibulek. Byla prokázána schopnost dormance semen, které tak mohou vytvářet přechodnou semennou banku, tato schopnost pacibulkám chybí. Rozdíly ve velikosti obou typů propagulí se projevují během dalšího růstu. Pacibule představují hlavní způsob rozmnožování česneku planého. Tvorba semen zůstává i nadále zachována. Česnek planý se řadí mezi kompetičně slabé druhy, což prokázaly výsledky kompetičního pokusu. Kompetiční schopnosti jednotlivých cytotypů se neliší, existuje však mezipopulační variabilita uvnitř cytotypů, což ukazuje na přítomnost lokálních adaptací, které byly potvrzeny během přesazovacího experimentu. Ten také naznačil pouze velmi slabý náznakodhalil existence odlišných nároků na stanoviště mezi cytotypy. Polyploidy, term for the possession of more than two chromosome sets, is considered as a major force in evolution of plants. Unlike previous estimates the number of polyploid organisms is higher and most plants have undergone polyploidization. Polyploidy affects genetic and genomic structure and phenotype of the organisms, than it may affect other characteristics of the species. Different cytotypes may exhibit morphological, reproductive, geographical or ecological differences. As a model organism there was selected Allium oleraceum L., which represents a polyploid complex with the occurrence of tetraploid (2n = 4x = 32), pentaploid (2n = 5x = 40) and hexaploid (2n = 6x = 48) cytotypes in the Czech Republic. There exists pure or cytotype mixed populations. Allium oleraceum distribution includes the whole area of the Czech Republic. It reproduces by aboveground vegetative bulbils ans sexual seeds originating in the inflorescence and by underground daughter bulbs. Used populations were selected on the base previous created database with known ploidy levels and covered all cytotypes occurring in the Czech Republic. Ploidy level was re-checked using flow cytometry. Different cytotypes differed in the reproductive traits, namely reproductive propagules. Tetraploids produced the higher number of propagules. Production of flowers and seeds was extremely low in hexaploids. Overall seed production was low in all examinated cytotypes. On the other hand, all cytotypes were able to produce viable seeds. Propagule production was influenced by plants size of maternal plant. Similar pattern exists in both natural population and in conditions of experimental garden. Despite the significance differences it exists broad overlap in the traits and different cytotypes can not be reliably distinguished. There exist differences in seed germination and bulbils sprouting, with heigher rates in bulbils. Cytotypes differences were recorded only in bulbils sprouting. Also seed dormancy and formation of transient seed bank was confirmed. Bulbils were nondormant. Differences in the size of both types of propagules manifest during subsequent growth. Bulbils represent the main mode of reproduction in A. oleraceum. Production of seeds remains still preserved. Competition experiment demonstrated a weak competition ability of Allium oleraceum. Competition abilities among cytotypes do not differ, but it exists interpopulation variability within cytotypes. This fact shows to the existence of local adaptations, which were also confirmed during reciprocal transplant experiment. Only nonsignificant tendency was recorded in an an existence of habitat differentiation of cytotypes. Klíčová slova: Allium oleraceum; polyploidie; reciproční přesazovací pokusy; kompetice; vegetativní a generativní reprodukce; klíčení; pučení; Allium oleraceum; polyploidy; reciprocal transplant experiments; competition; vegetative and generative reproduction; sprouting; germination Plné texty jsou dostupné v knihovně UPOL. EKOLOGIE POLYPLOIDNÍHO KOMPLEXU ALLIUM OLERACEUM L. V ČESKÉ REPUBLICE

Polyploidie označující organismy s více než dvojnásobným počtem chromosomových sad je považována za hlavní zdroj evoluce rostlin. Oproti dřívějším odhadům počtu polyploidních organismů se v ...

FIALOVÁ, Martina; DUCHOSLAV, Martin; DUCHOSLAV, Martin
Univerzita Palackého v Olomouci, 2013