Gut microbiome and its changes related to therapy of chronic diseases
Hurych, Jakub; Cinek, Ondřej; Kolář, Milan; Falt, Přemysl
2024 - Czech Práce se zabývá reakcí střevního mikrobiomu na terapeutické intervence ve třech longitudinálních studiích u chronických onemocnění gastrointestinálního traktu: Crohnovy choroby, celiakální autoimunity a syndromu dráždivého tračníku. K tomu byly využity četné metody mikrobiomové analýzy stolice (zejména masivně paralelní sekvenování 16S rDNA či 18S rDNA a metagenomické sekvenování) s následnou bionformatickou a statistickou analýzou. U Crohnovy choroby jsme detekovali dosud nepopsanou sekundární povahu změn střevního bakteriomu po léčbě anti-TNF. U celiakální autoimunity, kde byl v předchozích pracích popsán efekt intervence probiotik na serologické markery nemoci, střevní bakteriom i metabolom, jsme popsali absenci významných změn na prospěšné střevní prvoky. U syndromu dráždivého tračníku jsme po podání čtyř dávek transplantace směsné mikrobioty pozorovali významnou reakci bakteriomu, avšak bez odpovědi na redukci klinických obtíží. Výsledky studií by mohly přispět k lepšímu poznání role střevního mikrobiomu v patogenezi těchto závažných onemocnění. Klíčová slova: mikrobiom, Crohnova choroba, celiakie, syndrom dráždivého tračníku This work examines the response of the gut microbiome to therapeutic interventions in three longitudinal studies of chronic gastrointestinal diseases: Crohn's disease, celiac autoimmunity and irritable bowel syndrome. Multiple methods of stool microbiome analysis (especially massively parallel 16S rDNA or 18S rDNA sequencing and metagenomic sequencing) followed by bioinformatic and statistical analysis were used. In Crohn's disease, we detected a previously undescribed secondary nature of changes in the gut bacteriome after anti-TNF treatment. In celiac disease autoimmunity, where previous works described an effect of probiotic intervention on serological markers of the disease, the gut bacteriome and metabolome, we described the absence of significant changes in beneficial gut protozoa. In irritable bowel syndrome, we observed a significant response of the bacteriome after administering four doses of mixed microbiota transplantation but no response in the reduction of clinical symptoms. The results of these studies could contribute to a better understanding of the gut microbiome's role in the pathogenesis of these serious diseases. Keywords: microbiome, Crohn's disease, celiac disease, irritable bowel syndrome Keywords: mikrobiom; Crohnova choroba; celiakie; syndrom dráždivého tračníku; microbiome; Crohn's disease; celiac disease; irritable bowel syndrome Available in a digital repository NRGL Gut microbiome and its changes related to therapy of chronic diseases

Práce se zabývá reakcí střevního mikrobiomu na terapeutické intervence ve třech longitudinálních studiích u chronických onemocnění gastrointestinálního traktu: Crohnovy choroby, celiakální autoimunity ...

Hurych, Jakub; Cinek, Ondřej; Kolář, Milan; Falt, Přemysl
Univerzita Karlova, 2024

Dobývání znalostí při analýze sociálních sítí
Zvirinský, Peter; Mrázová, Iveta; Drotár, Peter; Vidnerová, Petra
2024 - English Název práce: Dob˝vání znalostí p i anal˝ze sociálních sítí Autor: Peter Zvirinsk˝ Katedra: Katedra teoretické informatiky a matematické logiky Vedoucí diserta ní práce: doc. RNDr. Iveta Mrázová CSc., Katedra teoretické informatiky a matematické logiky Abstrakt: Za posledn˝ch nieko ko rokov zaznamenala globálna ekonomika v˝- razn˝ nárast celkového dlhu, ktor˝ v roku 2022 dosiahol 238 % svetového HDP, ako uvádza Medzinárodn˝ menov˝ fond. Táto rastúca zadlûenos vyvoláva obavy o stabilitu finan n˝ch systémov a blahobyt jednotlivcov a inötitúcií. Zdôraz uje tieû potrebu ú inn˝ch stratégií na pochopenie zloûit˝ch vz ahov medzi dlûníkmi a verite mi a na zmiernenie súvisiacich rizík. V reakcii na tieto v˝zvy navrhujeme nov˝ prístup zaloûen˝ na metódach dob˝vania znalostí aplikovan˝ch na kom- plexnú anal˝zu vzorcov formovania dlhu medzi jednotlivcami a spolo nos ami so zameraním na prevaûne nevyuûité údaje z Insolven ného registra (IR) eskej republiky. Naöím cie om je vyuûi metódy anal˝zy sociálnych sietí na modelovanie a pocho- penie interakcií medzi subjektmi zú ast ujúcimi sa insolven n˝ch konaní, kon- krétne dlûníkmi, verite mi a insolven n˝mi správcami. Okrem toho zameriavame náö v˝skum na dynamické sociálne siete, ktoré zachytávajú ötrukturálne zmeny v dátach v priebehu asu. Náö prístup umoû uje h bkové... Title: Data mining in social network analysis Author: Mgr. Peter Zvirinský Department: Department of Theoretical Computer Science and Mathematical Logic Supervisor: doc. RNDr. Iveta Mrázová CSc., Department of Theoretical Com- puter Science and Mathematical Logic Abstract. In the past several years, the global economy has experienced a sig- nificant increase in overall debt, reaching 238% of the world GDP in 2022, as reported by the International Monetary Fund. This growing indebtedness raises concerns about the stability of the financial system and the welfare of individuals and institutions. It also underscores the need for e ective strategies to under- stand the intricate relationships between debtors and creditors and to mitigate associated risks. In response, this thesis proposes a novel approach based on data mining methods for the comprehensive analysis of debt formation patterns among individuals and companies, focusing on the largely untapped data from the Insolvency Register (IR) of the Czech Republic. We aim to leverage social network analysis (SNA) methods to model and analyze the interactions among subjects participating in insolvencies, namely debtors, creditors, and insolvency administrators. Additionally, we focus our research on dynamic social networks that capture structural changes in... Keywords: dobývání znalostí|analýza sociálních sítí|insolvenční rejstřík|strukturovaná data|nestrukturovaná data; data mining|knowledge discovery|social network analysis|insolvency register|structured data|unstructured data Available in a digital repository NRGL Dobývání znalostí při analýze sociálních sítí

Název práce: Dob˝vání znalostí p i anal˝ze sociálních sítí Autor: Peter Zvirinsk˝ Katedra: Katedra teoretické informatiky a matematické logiky Vedoucí diserta ní práce: doc. RNDr. Iveta Mrázová CSc., ...

Zvirinský, Peter; Mrázová, Iveta; Drotár, Peter; Vidnerová, Petra
Univerzita Karlova, 2024

Syntéza fotoaktivních derivátů ftalocyaninů a studium jejich biologické aktivity
Rychvalská, Lucia; Zimčík, Petr; Vícha, Robert; Zitko, Jan
2024 - Slovak Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Mgr. Lucia Rychvalská Školiteľ: prof. PharmDr. Petr Zimčík, PhD. Dizertačná práca: Syntéza fotoaktívnych derivátov ftalocyanínov a štúdium ich biologickej aktivity Ftalocyaníny (Pc) sú makrocyklické látky s konjugovaným systémom dvojitých väzieb, vďaka ktorému absorbujú svetlo z oblasti 650 - 750 nm. Vyznačujú sa aj vysokou produkciou singletového kyslíka, a preto sú vhodné na použitie pri fotodynamickej terapii ako fotosenzitizéry. Majú ale planárne aromatické jadro, a preto tvoria vo vodnom prostredí neúčinné agregáty. Existuje niekoľko stratégií na zamedzenie agregácie Pc, pričom táto dizertačná práca je zameraná na zamedzenie agregácie pomocou supramolekulárnych interakcií s kukurbiturilom (CB). Subftalocyaníny (SubPc) sú podobné makrocyklické látky zložené z troch (namiesto štyroch) izoindolových podjednotiek s centrálnym atómom bóru, ktorý viaže aj axiálny substituent. Vďaka ich kužeľovitému tvaru a axiálnej substitúcii sú síce vo vode menej agregované, ale často nerozpustné a interakcia s CB by mala spôsobiť zlepšenie týchto vlastností. Prvá časť dizertačnej práce je venovaná syntéze Pc s aminoadamantylovými substituentmi na makrocyklickom jadre v α alebo ... Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Author: Mgr. Lucia Rychvalská Supervisor: prof. PharmDr. Petr Zimčík, PhD. Doctoral Thesis: Synthesis of photoactive derivatives of phthalocyanines and study of their biological activity Phthalocyanines (Pc) are macrocyclic compounds with conjugated system of double bonds with absorption maximum around 650 - 750 nm. They are characterized by high singlet oxygen production which makes them suitable candidates for photosensitizers in photodynamic therapy. However, they form inactive aggregates in water environment because of their planar hydrophobic aromatic core. There are many strategies to solve this problem, and this thesis is focused on fighting aggregation of Pc by their supramolecular interactions with cucurbiturils (CB). Subphthalocyanines (SubPc) are similar macrocyclic compounds composed of only three (instead of four) isoindol units with boron as a central atom, which has also axial substituent. Because of their cone-shape and axial substituent they are less aggregated in water but usually not very soluble, which could also be solved by interaction with CB. First part of this thesis was focused on synthesis of Pc with aminoadamantyl substituents on... Available in a digital repository NRGL Syntéza fotoaktivních derivátů ftalocyaninů a studium jejich biologické aktivity

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Mgr. Lucia Rychvalská Školiteľ: prof. PharmDr. Petr Zimčík, PhD. ...

Rychvalská, Lucia; Zimčík, Petr; Vícha, Robert; Zitko, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Jemné vlastnosti některých specifických prostorů funkcí
Peša, Dalimil; Pick, Luboš; Alberico, Angela; Lang, Jan
2024 - English Keywords: Banachovy prostory funkcí|prostory invariantní vůči přerovnání|prostory amalgámů|kvazi-Banachovy prostory funkcí|Gagliardova--Nirenbergova nerovnost|redukční princip|Lorentzovy--Karamatovy prostory|pomalu se měnící funkce; Banach function spaces|rearrangement-invariant spaces|amalgam spaces|quasi-Banach function spaces|Gagliardo--Nirenberg inequality|reduction principle|Lorentz--Karamata spaces|slowly varying functions Available in a digital repository NRGL Jemné vlastnosti některých specifických prostorů funkcí

Peša, Dalimil; Pick, Luboš; Alberico, Angela; Lang, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Studium derivátů pyridinu jako potenciálních antimykobakteriálních léčiv.
Nawrot, Daria Elżbieta; Doležal, Martin; Musílek, Kamil; Musiol, Robert
2024 - English Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Daria Nawrot Školitel: Prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Název disertační práce: Studium derivátů pyridinu jako potenciálních antimykobakteriálních léčiv. Mimo období kdy tvořil COVID-19 největší hrozbu pro účinnost zdravotnických systémů na celosvětovém měřítku, zůstává tuberkuloza nejdůležitější příčinou úmrtí na infekční chorobu. Tato skutečnost, spolu se stoupající antibakteriální rezistencí, tvoří zásadní výzvu pro výzkum nových léčiv. Teoretická část tohoto komentáře krátce zvýrazňuje problematiku tuberkulozy a konkrétněji antimikrobiální rezistence. V experimentální části je vedena diskuze o návrhu, syntéze a biologickém hodnocení nových sloučenin zkoumaných během doktorského studia. Navržené sloučeniny byly připraveny a testovány na in vitro aktivitu proti vybraným mykobakteriálním kmenům (M. Avium, M. aurum, M. kansasii, M. smegmatis spolu s kmeny hlavního zájmu - Mtb H37Ra a H37Rv), osmi fungálním kmenům (Candida albicans, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus, Absidia corymbifera, a Trichophyton interdigitale) a osmi bakteriálním kmenům (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas... Available in a digital repository NRGL Studium derivátů pyridinu jako potenciálních antimykobakteriálních léčiv.

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Daria Nawrot Školitel: Prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Název ...

Nawrot, Daria Elżbieta; Doležal, Martin; Musílek, Kamil; Musiol, Robert
Univerzita Karlova, 2024

Vývoj liquisolid systémů s cíleným přívodem léčiva do kolonu
Ogadah, Chiazor Ugo; Vraníková, Barbora; Zámostný, Petr; Gajdziok, Jan
2024 - English Univerzita Karlova, Farmaceutická Fakulta V Hradci Králové Školicí pracoviště: Katedra Farmaceutické Technologie Doktorský studijní program: Farmaceutická Technologie Kandidátka: Mgr. Chiazor Ugo Ogadah Školitelka: doc. PharmDr. Barbora Vraníková, Ph.D. Konzultantka: doc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Název dizertační práce: Vývoj liquisolid systémů s cíleným přívodem léčiva do kolonu V lokální nebo systémové terapii chorob tlustého střeva mají systémy cílící do kolonu slibnou perspektivu. Úspěch však představuje výzvu díky fyziologickým bariérám trávicího traktu. Pokud zvýšení rozpustnosti léčiva předchází cílení, lze rozpouštění, jako krok limitující rychlost, obejít, urychlit vstřebání léčiva a zvýšit jeho perorální biodostupnost. Pro optimalizaci dávky a terapeutického efektu je kromě toho potřebné zadržet přípravek v místě cílení. Cílem této práce je proto vývoj systému pro doručení a cílení omezeně rozpustného léčiva cyklosporinu A (CyA) do kolonu. V první části experimentu byly využity preformulační studie k dosažení zvýšené rozpustnosti a zrychleného uvolnění CyA pomocí tzv. liquisolid sytému (LSS) nebo přípravou interaktivních směsí společným mletím (komletím). To zahrnovalo výběr vhodného nosiče a hodnocení jeho vlastností při mletí, stejně jako výběr netěkavého... Keywords: tlusté střevo; formulace; přívod léčiva; colon; formulation; drug delivery Available in a digital repository NRGL Vývoj liquisolid systémů s cíleným přívodem léčiva do kolonu

Univerzita Karlova, Farmaceutická Fakulta V Hradci Králové Školicí pracoviště: Katedra Farmaceutické Technologie Doktorský studijní program: Farmaceutická Technologie Kandidátka: Mgr. Chiazor Ugo ...

Ogadah, Chiazor Ugo; Vraníková, Barbora; Zámostný, Petr; Gajdziok, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Unravelling molecular mechanisms of the abasic crosslink DNA repair
Hušková, Andrea; Šilhán, Jan; Bařinka, Cyril; Pavlíček, Jiří
2024 - Czech 3 Abstrakt DNA jako primární nositelka genetické informace zaručuje organismům žít, růst, rozvíjet se a množit. Tato nejpodstatnější molekula v buňce však podléhá každou chvíli rozličným poškozením. Pokud není opraveno, buňka a organismus nakonec podlehne nevyhnutelné destrukci. Jedno z nejzávažnějších poškození je meziřetězcové kovalentní spojení DNA vycházející z abazického místa (Ap-ICL, z angl. Abasic site interstrand crosslink). Ap-ICL se tvoří spontánně z abazického místa kovalentní vazbou s adeninem na opačném řetězci. Nedostatek informací o opravných mechanismech, vlivu lokální sekvence a jeho stabilitě vede k otázkám ohledně osudu, toxicitě a výskytu těchto lézí v buňkách. Evoluce vytvořila několik mechanismů jak tato a další jiná poškození opravit a zajistit organismu jeho přetrvání. Nedávno objevená dráha známa pro opravu Ap-ICL dostala název po glykosylase zodpovědné za odstranění Ap-ICL. DNA glykosylasa NEIL3 je k Ap-ICL přivolána ubiquitylací DNA helikasy, která je součástí komplexu zodpovědného za replikaci DNA. Glykosylasa NEIL3 obsahuje několik domén s motivem zinkového prstu, které se vážou k poškozené DNA a zajišťují její katalytickou funkci. Momentálně není znám molekulární mechanismus opravného procesu glykosylasy NEIL3. S cílem odpovědět na zmíněné neznámé byla v předložené práci... 4 Abstract DNA as the primary carrier of genetic information guarantees organisms to live, grow, develop and reproduce. However, this most vital molecule in the cell is subject to various damages every moment. If it is not repaired, the cell and the organism will eventually succumb to inevitable destruction. One of the most serious damages is abasic site interstrand crosslink (Ap-ICL). Ap-ICL is formed spontaneously when an abasic site covalently pairs with an adenine on the opposite strand. The lack of information on repair mechanisms, the influence of the local sequence and its stability leads to questions about the fate, toxicity and occurrence of these lesions in cells. During evolution, several mechanisms have evolved to repair these and other damages to ensure the organism's survival. A recently discovered pathway known to repair Ap-ICL is named after the DNA glycosylase responsible for removing Ap-ICL. NEIL3 DNA glycosylase is recruited to Ap-ICL by ubiquitylation of DNA helicase, which is part of the DNA replication complex. NEIL3 glycosylase contains several zinc-finger domains, that bind to the damaged DNA and ensure its catalytic function. The molecular mechanism of the NEIL3 glycosylase repair process is currently not known. In order to answer the aforementioned unknowns, the rate of formation,... Keywords: DNA; oprava; replikace; krystalografie; enzymologie; NMR spectroscopy; DNA repair; replication; crystallography; enzymology; NMR spectroscopy Available in a digital repository NRGL Unravelling molecular mechanisms of the abasic crosslink DNA repair

3 Abstrakt DNA jako primární nositelka genetické informace zaručuje organismům žít, růst, rozvíjet se a množit. Tato nejpodstatnější molekula v buňce však podléhá každou chvíli rozličným poškozením. ...

Hušková, Andrea; Šilhán, Jan; Bařinka, Cyril; Pavlíček, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Teorie a aplikace postupu DoE (planovani experimentu) ve farmaceuticke technologii
Maruška, Julie; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen; Svozil, Daniel; Muselík, Jan
2024 - English Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické technologie Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Mgr. Julie Maruška Školitel: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Konzultant: doc. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Název disertační práce: Teorie a aplikace postupu DoE (plánovaní experimentů) ve farmaceutické technologii Tradiční proces vývoje nových přípravků zahrnuje výběr kombinací různých typů faktorů ovlivňujících řadu vlastností konečné lékové formy. Tato situace je vhodná pro použití metod z oblasti statistického plánovaní experimentů (DoE). V současné době začínají nejnovější publikace v oblasti farmaceutické technologie týkající se vývoje nových lékových forem stále více začleňovat techniky plánovaní experimentů, které jsou předmětem studia v této práci. Tato interdisciplinární disertační práce je anotovaným shrnutím publikací a výzkumných aktivit autora a klade si za cíl zkoumat postupy DoE zaměřené na jejich praktické využití v oblasti farmaceutické technologie; aplikovat vybrané techniky na reálné postupy farmaceutické technologie; a představit přehled nejúčinnějších DoE technik pro implementaci ve výzkumu v oblasti farmaceutické technologie. V prvním publikovaném článku jsme provedli retrospektivní analýzu získaných dat... Charles University, Faculty of pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Technology Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Mgr. Julie Maruška Supervisor: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Consultant: Assoc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Title of dissertation: Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology The conventional process for developing new medicines involves selecting combinations of various types of factors that impact numerous properties of the final dosage form. This scenario is well-suited for using methods from the statistical field of design of experiments (DoE). Currently, the latest publications on pharmaceutical technology related to the development of new dosage forms are increasingly beginning to incorporate experimental design techniques, which are the subject of study in this work. This interdisciplinary dissertation thesis is an annotated summary of the publication and research activities of the author and aims to explore the DoE approaches focusing on their practical applications within the realm of pharmaceutical technology; to apply the selected techniques in actual processes of pharmaceutical technology; and to present a review of the most useful... Keywords: Design of Experiments; Quality by design; factorial design; pharmaceutical technology; Plánováni experimentu; plánování kvality; faktoriální design; farmaceutická technologie Available in a digital repository NRGL Teorie a aplikace postupu DoE (planovani experimentu) ve farmaceuticke technologii

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické technologie Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Mgr. Julie Maruška Školitel: doc. Dipl.-Math. Erik ...

Maruška, Julie; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen; Svozil, Daniel; Muselík, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Vliv mechanotransdukce na nádorové jaterní buňky kultivované v 3D kolagenovém nosiči
Frtús, Adam; Kubinová, Šárka; Filová, Elena; Vištejnová, Lucie
2024 - English Název práce: Vliv mechanotransdukce na nádorové jaterní buňky kultivované v 3D kolagenu Autor: Mgr. Adam Frtús Katedra: Oddělení optických a biofyzikálních systémů, Fyzikální ústav AV ČR Školitel: PharmDr. Šárka Kubinová, Ph.D., Oddělení optických a biofyzikálních systémů, Fyzikální ústav AV ČR Abstrakt: Modely buněčných kultur se v průběhu času transformovaly z jednoduchých monovrstvých kultur v Petriho miskách do pokročilých 3D platforem, které poskytují podmínky a vlastnosti pro růst buněk ve všech směrech, podobně jako in vivo. Buňky tkání ovlivňuje mikroprostředí okolní extracelulární matrix, které 3D buněčná kultura může replikovat. Výsledky výzkumu naznačují, že mechanické signály generované extracelulárním mikroprostředím ovlivňují buněčné chování a funkce. V této disertační práci jsme se zaměřili na odhalení molekulárních mechanismů mechanotransdukce, změn buněčného metabolismu a molekulárních signálních drah v 3D kultuře jaterních nádorových buněk v kolagenovém nosiči. Využili jsme celou řadu biochemických testů sledujících proliferaci, expresi signálních proteinů, imunofluorescenční barvení a konfokální mikroskopii, genetickou manipulaci a fotobiomodulaci. Náš výzkum si klade za cíl nejen získat základní znalosti o plasticitě nádorových buněk a molekulárních signálních drah v 3D prostředí, ale... Title: Mechanotransduction of Hepatic Cancer Cells cultured in a 3D Collagen Scaffold Author: Mgr. Adam Frtús Department: Department of Optical and Biophysical Systems, Institute of Physics of the Czech Academy of Sciences Supervisor: PharmDr. Šárka Kubinová, Ph.D., Department of Optical and Biophysical Systems, Institute of Physics of the Czech Academy of Sciences Abstract: Cell culture models transformed over time from a simple monolayer culture in 2D Petri dish to advanced 3D platforms, that provide conditions and features for cellular growth in all directions, similarly to in vivo. Moreover, cells experience distinct microenvironmental features within the extracellular matrix in tissues, that 3D cell culture might replicate. In fact, majority of studies indicate that physical cues generated from extracellular microenvironment drive the cellular behavior and functions. In this dissertation thesis, we attempt to provide the mechanistic explanation behind the changes in cellular metabolism and molecular signaling pathways induced by physical cues of 3D cell culture. We have used the advanced biomaterial-based 3D cell culture, biochemical assays, genetic manipulation and photobiomodulation in order to reveal the molecular mechanisms of mechanotransduction in hepatic cancer cells under physical cues of 3D... Keywords: 3D buněčná kultura|Mechanotransdukce|Rakovina|Mitochondrie|Cytoskeleton|Extracelulární Matrix|Buněčná Plasticita; 3D cell culture|Mechanotransduction|Cancer|Mitochondria|Cytoskeleton|Extracellular Matrix|Cell Plasticity Available in a digital repository NRGL Vliv mechanotransdukce na nádorové jaterní buňky kultivované v 3D kolagenovém nosiči

Název práce: Vliv mechanotransdukce na nádorové jaterní buňky kultivované v 3D kolagenu Autor: Mgr. Adam Frtús Katedra: Oddělení optických a biofyzikálních systémů, Fyzikální ústav AV ČR Školitel: ...

Frtús, Adam; Kubinová, Šárka; Filová, Elena; Vištejnová, Lucie
Univerzita Karlova, 2024

Studium protein-proteinových interakcí lidské E3 ubikvitin ligázy Nedd4-2.
Joshi, Rohit Ashok; Obšilová, Veronika; Krůšek, Jan; Holoubek, Aleš
2024 - English Posttranslační modifikace prostřednictvím ubikvitinace hrají klíčovou roli v regulaci membránových proteinů. Nedd4-2, lidská HECT E3 ubikvitin ligáza, je poslední komponentou ubikvitinační kaskády, která přenáší molekuly ubikvitinu a spouští endocytózu svých následných cílových molekul. Dysregulace Nedd4-2 může způsobovat různé poruchy, včetně epilepsie, respirační úzkosti a Liddleova syndromu. Přestože se na regulaci Nedd4-2 podílejí různé adaptorové proteiny, v tomto výzkumu jsme se zaměřili na konzervované proteiny 14-3- 3, známé negativní regulátory Nedd4-2. V této studii jsme provedli biofyzikální charakterizaci konstruktů Nedd4-2190-581 a Nedd4-2186-975 v komplexu s 14-3-3, abychom získali další náhled do dynamiky této interakce. Naše výsledky časově rozlišené fluorescenční spektroskopie odhalily, že vazba 14-3-3 ovlivňuje emisní vlastnosti a pohyblivost specifických WW domén (WW3 a WW4) Nedd4-2, zatímco ostatní (WW1) šetří. Zajímavé je, že katalytická doména HECT prochází při tvorbě komplexu konformačními změnami a zvýšenou exponovaností rozpouštědlu. Předpokládáme, že sterická inhibice domén WW3 a WW4 v kombinaci s konformačními změnami v katalytické doméně může být základem regulačního mechanismu zprostředkovaného vazbou proteinem 14-3-3. Chemické zesítění spolu s hmotnostní spektrometrií... Keywords: Protein-proteinové interakce; 14-3-3 protein; ubikvitin ligáza Nedd4-2; Protein-protein interaction; 14-3-3 protein; ubikvitin ligase Nedd4-2 Available in a digital repository NRGL Studium protein-proteinových interakcí lidské E3 ubikvitin ligázy Nedd4-2.

Posttranslační modifikace prostřednictvím ubikvitinace hrají klíčovou roli v regulaci membránových proteinů. Nedd4-2, lidská HECT E3 ubikvitin ligáza, je poslední komponentou ubikvitinační kaskády, ...

Joshi, Rohit Ashok; Obšilová, Veronika; Krůšek, Jan; Holoubek, Aleš
Univerzita Karlova, 2024