Spectral characteristics of solar radiation within plant canopies
NAVRÁTIL, Martin
2008 - English Available in the UPOL Library. Spectral characteristics of solar radiation within plant canopies

NAVRÁTIL, Martin
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Candidate biomarkers of cancer cells to predict the response to PARP1 inhibitor treatment
OPLUŠTILOVÁ, Lenka
2009 - English Available in digital repository of UPOL. Candidate biomarkers of cancer cells to predict the response to PARP1 inhibitor treatment

OPLUŠTILOVÁ, Lenka
Univerzita Palackého v Olomouci, 2009

ANALYSIS OF ENDOGENOUS STEROIDS IN VARIOUS BIOLOGICAL MATERIALS
SIMERSKÝ, Radim
2009 - English Available in the UPOL Library. ANALYSIS OF ENDOGENOUS STEROIDS IN VARIOUS BIOLOGICAL MATERIALS

SIMERSKÝ, Radim
Univerzita Palackého v Olomouci, 2009

Fyzická mapa chromozómu 4AL pšenice a poziční klonování genu ovlivňujícího výnos.
BALCÁRKOVÁ, Barbora; VALÁRIK, Miroslav
2017 - English Bread wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most important crops worldwide. Wheat provides basic food for 35% of the world population and is grown in a wide range of environments, mainly in temperate zone. Its importance can be compared only with rice or maize. Fast growing human population dramatically increases importance on food produc-tion including wheat production. Breeding of highly yielding wheat cultivars resistant to biotic and abiotic stresses is the main challenge for current breeding programs. Wheat genome is composed of three related diploid genomes (A, B and D) and contains more than 80 % of repetitive sequences. This great genome complexity makes breeding, molecular markers development, marker assisted selection (MAS) and wheat genome sequencing very complicated. Reduction of the complexity by the flow sorting of chromosomes or chromosome arms greatly facilitates marker development and mapping. The sorting also provides sufficient quantity of high molecular weight DNA for survey sequencing and BAC library construction. Development of large numbers of chromosome specific markers allows construction of high density maps creating an ideal base for map based cloning of agronomically important genes. The aim of the present Ph.D. thesis was to construct a sequencing-ready 4A chromo-some-specific physical map and high density radiation hybrid map to use them for map satu-ration and cloning of the powdery mildew-resistance gene QPm-tut-4A, rust resistance gene (Yr51) and yield related gene Qyi-4A-bga. Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je jednou z nejdůležitějších plodin světa. Poskytu-je základní potravu pro 35 % obyvatel Země a je pěstována v širokém rozmezí prostředí, hlavně v oblastech mírného pásu. Její důležitost se může srovnávat pouze s rýží nebo kukuři-cí. Rychle rostoucí lidská populace klade stále větší nároky na produkci potravin a tedy i na pšenici. Šlechtění výnosnějších a odolnějších odrůd pšenice je hlavní výzvou současných šlechtitelských programů. Genom pšenice se skládá ze tří homeologních subgenomů (A, B a D) a obsahuje více než 80 % repetitivních sekvencí. Velká komplexita genomu pšenice je hlavní překážkou šlechtění, efektivního vývoje molekulárních markerů, selekci za pomoci markeru (MAS, Marker Assisted Selection) a sekvenaci pšeničného genomu. Jednou z možností, jak se vypořádat se složitostí pšeničného genomu, je použití jed-notlivých chromozomů nebo jejich ramen tříděných průtokovou cytometrií, které jsou ideální základnou pro vývoj markerů a mapování s velkou hustotou. Třídění chromozomů anebo jejich ramen také poskytuje dostatečné množství vysokomolekulární DNA, která je využívána pro tzv. "survey" sekvenování a konstrukci knihoven DNA dlouhých inzertů (tzv. BAC knihoven). Cílem dizertační práce byla konstrukce fyzické mapy dlouhého ramene chromozomu 4A pšenice a vysoko-hustotní radiační hybridní mapy tohoto chromosomu a jejich využití pro zahuštění genetické mapy klonování genů QPm-tut-4A zodpovědného za resistenci k padlí travnímu, Yr51 odpovědného za rezistenci ke rzi a Qyi-4A-bga gene ovlivňujícího výnos. Keywords: pšenice; Triticum aestivum; fyzická mapa; radiační hy-bridní mapa; BAC knihovna; poziční klonování; wheat; Triticum aestivum; physical map; radiation hybrid map; BAC library; positional cloning Available in digital repository of UPOL. Fyzická mapa chromozómu 4AL pšenice a poziční klonování genu ovlivňujícího výnos.

Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je jednou z nejdůležitějších plodin světa. Poskytu-je základní potravu pro 35 % obyvatel Země a je pěstována v širokém rozmezí prostředí, hlavně v ...

BALCÁRKOVÁ, Barbora; VALÁRIK, Miroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Synthesis and Study of Cytokinin Derivatives and CDK-Inhibitors Derived from 6-benzylaminopurine and their Complexes with Selected Transition Metals
ŠTARHA, Pavel; TRÁVNÍČEK, Zdeněk
2010 - English Available in digital repository of UPOL. Synthesis and Study of Cytokinin Derivatives and CDK-Inhibitors Derived from 6-benzylaminopurine and their Complexes with Selected Transition Metals

ŠTARHA, Pavel; TRÁVNÍČEK, Zdeněk
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Solid-phase synthesis of the new purines derivates and study of their properties
LEMROVÁ, Barbora; SOURAL, Miroslav
2013 - English Research in a field of discovery and development of novel drugs is very demanding process in which usually large number of new chemical entities has to be studied in a short time. One of the basic goals of medicinal chemistry is to develop and improve synthetic pathways in a fashion that allows simple preparation of novel drug-like molecules in sufficient number for biological screening. Such collections of compounds are called chemical libraries which contain tens to thousands of chemical substances. This justifies the need of development of synthetic methods that can simply be applied for production of variously substituted derivatives of a target scaffold or even different scaffolds to increase molecular diversity inside the chemical libraries. Solid-phase synthesis and combinatorial chemistry have been proved to be efficient tools for completion this mission. This Ph.D. thesis describes synthesis of selected nitrogenous heterocycles with use of polysterene resin. In each case the applicability of developed procedures was tested by the preparation of smaller collections of compounds. These sets of compounds were prepared to evaluate limitation and scopes of developed methods for possible future preparation of larger chemical libraries. The main part of the work was focused on a synthesis of novel purine/deazapurine derivatives and subsequent study of their biological and also spectral properties. We have combined both traditional approaches for the preparation of target compounds: (i) use of cyclization methods from suitable linear precursors, (ii) use of suitably substituted purine scaffold for further chemical decoration. The latter approach was applied in our research of purine derivatives with 2,6-dichloropurine as a key building block. Bisheterocyclic molecules of purine and 3-hydroxyquinolin-4(1H)-one were prepared with use of this strategy and similar approach was used for study of palladium catalyzed C8-H arylation of solid-supported purine moiety. In a following research leading to some purine deaza-analogues we used heterocyclization technique giving the target scaffolds from suitably immobilized precursors. The last solved topic was dedicated to solid-phase preparation of selected tetrahydrobenzodiazepinones. In this topic 4-chloro-2-fluoro-5-nitrobenzoic acid was used as the starting material. All synthesized derivatives were subjected to biological screening of cytotoxicity using MTT test and the results obtained are discussed. Additionally, fluorescence properties of bisheterocyclic derivatives were studied. Výzkum v oblasti vývoje nových léčiv je velmi náročný proces, který zahrnuje studium velkého množství strukturně odlišných látek v relativně krátkém čase. Jedním z tradičních cílů medicinální chemie je vyvinout a zdokonalit syntetické přístupy tak, aby umožňovaly jednoduchou přípravu nových molekul (potenciálních léčiv) v dostatečném počtu pro primární biologický screening. Tyto kolekce sloučenin, nazývané také chemické knihovny, obsahují desítky až tisíce látek. Z tohoto důvodu je významné vyvíjet metody syntézy, které mohou být jednoduše použity pro přípravu různě substituovaných derivátů cílového skeletu, nebo dokonce zcela jiných skeletů za účelem zvýšení různorodosti chemické knihovny. Syntéza na pevné fázi a kombinatoriální chemie jsou velmi efektivní nástroje k dosažení tohoto cíle. Tato dizertační práce popisuje syntézu vybraných dusíkatých heterocyklů na pevné fázi. Aplikovatelnost vyvinutých metod pro syntézu knihoven byla ve všech případech testována přípravou menších souborů látek. Tyto skupiny látek vždy sloužily k vyhodnocení aplikovatelnosti a omezení každé metody pro budoucí přípravu větší chemické knihovny. Hlavní část práce byla zaměřena na syntézu různých derivátů purinu nebo deazapurinu a studium jejich biologických a spektrálních vlastností. V rámci práce byly kombinovány oba tradiční přístupy pro přípravu cílových sloučenin: (i) použití cyklizačních metod, které poskytují požadované deriváty; (ii) využití vhodně substituovaného purinového skeletu k modifikaci jeho struktury. Výzkum purinových derivátů nebyl založen na syntéze purinu z vhodných prekurzorů, ale naopak byla využita metoda imobilizace 2,6-dichlorpurinu na pevnou fázi a jeho následná modifikace. Bisheterocyklické deriváty purinu a 3-hydroxy-4(1H)-chinolonu byly připraveny právě touto strategií a podobná metoda byla využita i pro studium palladiem katalyzované C8-H arylace purinového jádra. Heterocyklizační technika byla využita pro syntézu deaza-analog, kde cílové sloučeniny vznikaly přímo na pevné fázi. Poslední řešené téma bylo zaměřeno na přípravu tetrasubstituovaných tetrahydrobenzodiazepinonů na pevné fázi. Zde byla jako výchozí komponenta využita 2-fluoro-4-chloro-5-nitrobenzoová kyselina, která již v minulosti byla na naší katedře studována jako vhodný materiál pro přípravu různých typů heterocyklů. Všechny získané strukturně nové sloučeniny byly podrobeny biologickému testování v tzv. MTT cytotoxickém testu. Bisheterocyklické sloučeniny purinu a hydroxychinolonu byly navíc studovány z pohledu fluorescenčních vlastností. Keywords: Purin; deazapurin; hydroxychinolon; benzodiazepinon; Pd-katalyzované reakce; syntéza na pevné fázi.; Purine; deazapurine; hydroxyquinolinone; benzodiazepinone; Pd-catalyzed reaction; solid-phase synthesis Available in digital repository of UPOL. Solid-phase synthesis of the new purines derivates and study of their properties

Výzkum v oblasti vývoje nových léčiv je velmi náročný proces, který zahrnuje studium velkého množství strukturně odlišných látek v relativně krátkém čase. Jedním z tradičních cílů ...

LEMROVÁ, Barbora; SOURAL, Miroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2013

Kurzweil-Stieltjes Integral and its Applications in Generalized Ordinary Differential Equations Theory
HALAS, Zdeněk
2008 - English Available in the UPOL Library. Kurzweil-Stieltjes Integral and its Applications in Generalized Ordinary Differential Equations Theory

HALAS, Zdeněk
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Changes in higher plants induced by a defined heating regime and heat stress-related plant recovery
FROLEC, Jiří; NAUŠ, Jan
2010 - English The thesis focuses on study of heat stress effects and the reversibility of the resultant changes. The use of a variety of heating regimes (T-jump and linear heating with various heating rates) and comparison of their impact, formed the major part of the work. The first experimental part deals with the reversibility of the fluorescence temperature curve (FTC) measured using four different heating/cooling rates (0.5, 1, 2 or 3 °C min-1). The degree of fluorescence irreversibility after the heating/cooling cycle, a set of tangents of selected linear parts of the FTC and a denaturation model of transforming a photosystem II (PSII) from being fully functional into to an adversely changed one, were used for detailed evaluation of the measured data. A fully reversible response of PSII function as reflected in the reversibility of chlorophyll fluorescence, was found for maximal temperatures (Tm) of linear heating up to 42 °C. A partially reversible response occurred up to temperatures between 52 and 59 °C depending on the heating/cooling rate (from 0.5 to 3 °C min-1). We applied the model to calculate activation energies (Ea) of this initial increase in the fluorescence irreversibility separately for each heating rate. Four different approaches led to values of from 30 to 50 kJ mol-1, and these decreased slightly with the increasing heating rate. The assumptions used for the Ea evaluation suggest that the unrecoverable part of fluorescence changes is caused by irreversible closure of certain PSII reaction centers (i.e. the accumulation of QA-). The second part of the thesis deals with the impact of linear and temperature-jump heat stress on light-induced chloroplast movement. The leaf segments were either linearly (2 °C min-1) heated up to Tm or incubated for 5 min in a water-bath at the same temperature. The changes in light-induced chloroplast movement caused by the HS pretreatment were detected after the particular heating regime at 25 °C using a method of time-dependent collimated transmittance (CT). For each sample, the chlorophyll a fluorescence rise (FLR) was also measured to determine changes in PSII function caused by the HS and for comparison of sensitivity of the two methods. To evaluate the effect of the HS regime on the samples more accurately, we calculated 6 fluorescence parameters from the JIP-test and 4 transmittance parameters (amplitudes and rates of chloroplast translocation for both accumulation as well as avoidance response). The HS began to inhibit the chloroplast movement at lower stress temperatures (40 - 42 °C) than PSII function, as reflected in the FLR curves (42 - 45 °C). This difference in sensitivity of CT and FLR was higher for the T-jump than for the linear HS, indicating the importance of the applied heating regime. For the highest Tm (45 °C), the motility of chloroplasts was almost completely inhibited. We tentatively propose that the inhibition of chloroplast movement at higher temperatures may enhance the shielding function of the exposed upper layer of chloroplasts and help protect other chloroplasts located deeper inside the leaf from photoinhibitory damage. Moreover, measurement of collimated transmittance changes, caused by light-induced chloroplast movement, proved to be a sensitive method for use too, in the early detection of the adverse effects of elevated temperatures. Záměrem disertační práce bylo studium dopadů vysokoteplotního stresu na různé úrovně vyšších rostlin a vratnost takto vyvolaných změn. K monitorování samotného fotosyntetického aparátu byly použity především techniky fluorescence chlorofylu ? fluorescenční teplotní křivka (FTC) a velmi rychlý indukční jev (FLR). Kromě těchto změn byla také zjišťována odezva na buněčné úrovni, konkrétně pohyb chloroplastů. Pro komplexnější pohled na dopady vysokoteplotního stresu bylo využito několik rozdílných teplotních režimů a velké rozmezí stresových teplot. Cílem první části experimentální práce bylo charakterizovat a popsat dopady lineárního ohřevu/ochlazování při různých rychlostech (0,5; 1; 2 nebo 3 °C min-1) na změny fluorescence chlorofylu v listech ječmene (tj. měření FTC). Plně vratná funkce fotosystému II (PSII), detekovaná chlorofylovou fluorescencí, byla sledována pouze do teploty 42 °C. Alespoň částečná vratnost pokračovala až ke stresovým teplotám v rozmezí od 52 °C (pro rychlost 0,5 °C min-1) do 59 °C (3 °C min-1). Pro každou rychlost ohřevu byla také vyhodnocena aktivační energie nutná k uskutečnění počáteční nevratnosti fluorescence při nižších stresových teplotách. Její hodnoty (průměrně 41 kJ mol-1) mírně klesaly s rostoucí rychlostí ohřevu a odrážejí spíše menší strukturní změny v PSII. Na základě výsledků fitování se pro nevratné změny fluorescence jeví jako nejpravděpodobnější důvod ireversibilní uzavření určité části reakčních center, tj. akumulace QA-. Druhá část experimentální práce sledovala dopad lineárního (2 °C min-1) a skokového (5minutová inkubace) vysokoteplotního stresu na pohyb chloroplastů, který byl vyvolán světly o různých intenzitách. Změny v pohybu chloroplastů způsobené teplotním stresem byly detekovány při pokojové teplotě metodou kolimované transmitance listu. Zatímco inkubace vzorku při teplotě 35 °C po dobu 5 minut představovala optimální podmínky pro pohyb chloroplastů, po vystavení listů teplotám kolem 40 °C tento pohyb ustával a pro nejvyšší měřené teploty (45 °C) byla schopnost pohybu inhibována téměř úplně. Aplikovaný stres způsobil inhibici pohybu chloroplastů za nižších stresových teplot (40 - 42 °C) oproti funkci PSII, která byla detekována měřením parametrů odvozených z FLR křivek (42 - 45 °C). Ve srovnání s lineárním teplotním režimem byl tento rozdíl v citlivosti obou metod výraznější v případě teplotního skoku, což opět poukazuje na rozhodující roli zvoleného teplotního režimu. Omezená schopnost pohybu je pravděpodobně důsledkem poškození buněčného cytoskeletu. Předpokládáme, že tato inhibice může přispívat k ochraně většiny chloroplastů v listu před fotoinhibičním poškozením. Měření kolimované transmitance tak představuje velmi citlivou metodu, která je vhodná pro včasnou detekci počátečních negativních dopadů vysokoteplotního stresu. Keywords: Fluorescence chlorofylu; fluorescenční indukční jev; fluorescenční teplotní křivka; nevratnost; pohyb chloroplastů; vysokoteplotní stres; Chlorophyll fluorescence; chlorophyll fluorescence rise; chloroplast movement; heat stress; high temperature; irreversibility; fluorescence temperature curve Available in digital repository of UPOL. Changes in higher plants induced by a defined heating regime and heat stress-related plant recovery

teplotních režimů a velké rozmezí stresových teplot. Cílem první části experimentální práce bylo charakterizovat a popsat dopady lineárního ohřevu/ochlazování při různých rychlostech (0,5; 1; 2 ...

FROLEC, Jiří; NAUŠ, Jan
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Matematické modelování fotosyntetických procesů
JABLONSKÝ, Jiří; LAZÁR, Dušan; POSPÍŠIL, Pavel
2010 - English It is known that the photosynthesis is the process which is behind the breathable oxygenic atmosphere; the source of oxygen is photosynthetic dissociation of water molecules. A useful way to examine water splitting is flashes-induced measurement of the evolved oxygen. The short and intense flashes produce an oxygen oscillation with a periodicity of four. In order to describe and explain the oxygen oscillation, a kinetic modeling is one of the suitable methods which can be used. The explanation of the damping in the oxygen oscillation has been based on the kinetic parameters introduced by Bessel Kok. However, the meaning of these parameters was not clear because earlier kinetic models of water splitting were simplified. This thesis is therefore based on kinetic modeling and a description of water splitting. Initially, a new model of photosystem II (PSII) for simulation of the period-four oscillatory behavior of oxygen evolution (and chlorophyll fluorescence) was developed. An analysis of several outputs compared with experiments revealed that water splitting cannot be described in the PSII kinetic model without considering the initial phase of water splitting, the so-called intermediate S-states. These intermediate S-states, [SnYZox]-states (n = 0, 1, 2, 3) with rate constant of their formation kiSn ~ 1.5 × 106 s-1, were explained as a relaxation process associated with changes in the redox equilibrium P680+YZ ? P680YZox. This new model was the first step at simulating oxygen oscillation without the miss and double hits parameters, as defined by Bessel Kok. In order to uncover what is actually behind the double hits (oxygen evolution after the second flash), a new sophisticated model was developed. On the basis of this model it was suggested that it is very likely that the dimeric organization of the PSII leads to cooperation in the water splitting (suggested for cyanobacteria as an evolutionary mechanism at low light conditions. The cooperation was identified as a process which is behind the part of Kok parameter double hits if the sample is induced by single turnover flashes. Finally, in order to improve description of the dark decay processes related to water splitting, improved PSII model was developed. In this model, all the cofactors within the PSII were considered in one multi-state variable. An analysis of data from the cyanobacteria and higher plants treated or untreated by the artificial electron acceptor PPBQ revealed that a further decay mechanism, the relaxation, occurs in the S3-state, even in the PPBQ-free sample. The mechanism of the relaxation was explained by the involvement of slow pathways of cooperation between S3PSIIa and S3PSIIb in the cyanobacteria and between S3PSIIa and S3,2,1PSIIb in the higher plants. Je známo, že fotosyntéza je proces, který vytvořil kyslíkovou atmosféru, zdrojem kyslíku je fotosyntetické štěpení vody. Užitečná cesta jak prozkoumat mechanismus štěpení vody je měření záblesky indukovného vývoje kyslíku. Krátké a silné záblesky vedou k oscilaci ve vývoji kyslíku s periodicitou čtyřech záblesků. Vhodnou metodou ke zkoumání zmíněné oscilace je kinetické modelování na kterém byl postaven i popis utlumení oscilace vývoje kyslíku a to zavedením dvou kinetických parametrů Besselem Kokem. Význam těchto parametrů nebyl zcela jasný a to zejména kvůli zjednodušeným kinetickým modelům procesu štěpení vody. Tato disertační práce je proto postavena na studiu štěpení vody ve fotosyntéze, zejména na detailnějším matematickém popisu tohoto děje v rámci kinetického modelu. Náš výzkum fotooxidace vody začal analýzou oscilací vývoje kyslíku s periodou čtyř záblesků. Zjistili jsme, že v existujících modelech chybí klíčové spojení mezi procesem štěpením vody a přenosem elektronu skrz fotosystém II (PSII). Jako možné řešení jsme navrhli existenci tzv. přechodných S-stavů, definovaných jako [SnYZox], (n = 0, 1, 2, 3), s rychlostní konstantou jejich vzniku kiSn ~ 1.5 × 106 s-1. Přechodné stavy mají svou regulační a stabilizační roli na celou donorovou stranu PSII a byly definovány jako relaxační mechanismus spojený se změnou rovnováhy P680+YZ ? P680YZox. Oscilace ve vývoji kyslíku jsou tlumené a pro jejich popis byly původně zavedeny parametry ?ztráta? a ?dvojitý přechod?. Za účelem zjištění, co se skrývá za dvojitým přechodem, jsem vytvořil model monomeru a dimeru PSII. Porovnání modelů vedlo k navržení mechanismu kooperace mezi jednotlivými PSII v dimeru jako dílčího zdroje vývoje kyslíku po druhém záblesku. Kooperace se podílí na hodnotě Kokova parametru dvojitý přechod. Konečně, zmíněná kooperace se vyskytuje pravděpodobně jen u sinic, pro které má významný fyziologický význam za nižší intenzity světla. Náš poslední výzkum se týkal redukce vyšších S-stavů ve tmě. Uvažováním všech přenašečů v PSII v jedné stavové proměnné jsme byli schopni přesně analyzovat vliv umělého elektronového akceptoru PPBQ na S-stavy u vyšších rostlin a porovnat s měřením a simulacemi deaktivace S-stavů u sinic. Výsledek ukázal na možnou existenci procesu relaxace nezávisle na účinku PPBQ u S3-stavu. Jako možný mechanismus relaxace jsme navrhli pomalou kooperaci mezi S3PSIIa a S3PSIIb u sinic a mezi S3PSIIa a S3,2,1PSIIb u vyšších rostlin. Keywords: fotosystém 2; fotolýza vody; matematické modelování; photosystem II; water splitting; mathematical modeling Available in digital repository of UPOL. Matematické modelování fotosyntetických procesů

tohoto děje v rámci kinetického modelu. Náš výzkum fotooxidace vody začal analýzou oscilací vývoje kyslíku s periodou čtyř záblesků. Zjistili jsme, že v existujících modelech chybí ...

JABLONSKÝ, Jiří; LAZÁR, Dušan; POSPÍŠIL, Pavel
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Structures derived from lattices
KOLAŘÍK, Miroslav
2007 - English Available in the UPOL Library. Structures derived from lattices

KOLAŘÍK, Miroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2007