Shifts of Explicitness in Translation A Czech-English Study
HOPKINSON, Christopher
2007 - English Available in the UPOL Library. Shifts of Explicitness in Translation A Czech-English Study

HOPKINSON, Christopher
Univerzita Palackého v Olomouci, 2007

Biology of Black Stork: diet, migration and reproduction
HAMPL, Radek
2008 - English Available in the UPOL Library. Biology of Black Stork: diet, migration and reproduction

HAMPL, Radek
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Discontinuous Systems in Capillary Elektrophoresis
PETR, Jan
2008 - English Available in the UPOL Library. Discontinuous Systems in Capillary Elektrophoresis

PETR, Jan
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Implication reducts of some nonclassical logics and their constructions
PLOJHAR, Luboš
2006 - English Available in digital repository of UPOL. Implication reducts of some nonclassical logics and their constructions

PLOJHAR, Luboš
Univerzita Palackého v Olomouci, 2006

Production of reactive oxygen species in thylakoids: EPR sping trapping approach
ŠNYRYCHOVÁ, Iva
2008 - English Available in the UPOL Library. Production of reactive oxygen species in thylakoids: EPR sping trapping approach

ŠNYRYCHOVÁ, Iva
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Characterization of purine derivatives degrading enzymes in cells
POSPÍŠILOVÁ, Hana
2008 - English Available in the UPOL Library. Characterization of purine derivatives degrading enzymes in cells

POSPÍŠILOVÁ, Hana
Univerzita Palackého v Olomouci, 2008

Regulation of branched-chain amino acid synthesis in actinomycetes
KOPECKÝ, Jan; RULÍK, Martin; RULÍK, Martin
2012 - English A set of Streptomyces cinnamonensis mutants with an increased metabolite flow through the branched chain amino acid biosynthetic pathway was analyzed by assessing the activities of enzymes catalyzing the pathway steps. Three mechanisms of the pathway deregulation were identified, all of them affecting acetohydroxy acid synthase (AHAS): (i) insensitivity to the feedback inhibition, (ii) elevated enzyme activity, or (iii) combination of the both. In the parental strain and selected regulatory mutants, the genes ilvB and ilvN encoding the large (catalytic) and small (regulatory) AHAS subunits, respectively, and their regulatory region were sequenced. No changes were found in the regulatory region, i.e. promoter, ribosome binding site, leader peptide, and attenuator, providing no explanation for the increased AHAS activity. On the contrary, in the mutants with AHAS insensitive to feedback inhibition, mutations were found in either regulatory or catalytic subunits, and were proved to be responsible for the observed phenotype. The changes in the sequence of ilvN in mutant strains were of two different types. Certain point mutations were located in the conserved domain near the N terminus, resulting in amino acid residue substitutions G16D, V17D and L18F. Mutations in other strains conferring the same phenotypic change shortened the protein by inserting stop codone behind V104 or V107. Changes in the catalytic subunit were found in the mutants, where AHAS was apparently activated by valine in vitro. Deletion of Q217 affected a distant helix in ?-domain, while substitution E139A occurred in a conservative loop near the active center. To reveal possible impact of individual mutations on self-association of the AHAS holoenzyme, the strength of the subunit-subunit interactions were assayed. The catalytic subunit mutations, E139A and ?Q217, as well as regulatory subunit mutations G16D and V17D and shortening of the regulatory subunit to 107 residues affected the interaction indicating that the affected regions might be in contact with the matching subunit during allosteric regulation. In contrast, replacement of the adjacent L18 residue pointing inwards with phenylalanine did not influence the interaction implying that L18 may participate in valine binding or conformational change transfer. U sady mutantů Streptomyces cinnamonensis se zvýšeným tokem metabolitů biosyntetickou drahou aminokyselin s rozvětveným řetězcem byly analyzovány aktivity enzymů katalyzujících jednotlivé stupně dráhy. Byly popsány tři mechanismy deregulace, vždy prostřednictvím změny vlastností synthasy acetohydroxykyselin (AHAS): (i) necitlivost ke zpětnovazebné inhibici, (ii) zvýšená aktivita enzymu, (iii) kombinace obou předchozích. Z rodičovského kmene a vybraných mutantů byly sekvenovány geny ilvB a ilvN kódující velkou (katalytickou) a malou (regulační) podjednotku AHAS, a jejich regulační oblast. Žádné změny nebyly nalezeny v regulační oblasti, t.j. promotoru, ribosomálním vazebném místě, leader peptidu a atenuátoru, nebylo tedy možné vysvětlit zvýšení aktivity AHAS. Naproti tomu u mutantů, kde byla AHAS necitlivá ke zpětnovazebné inhibici, byly nalezeny mutace v regulační nebo katalytické podjednotce, a byla prokázána jejich odpovědnost za zjištěný fenotyp. Změny v sekvenci genu ilvN byly u mutantních kmenů dvojího typu. Část mutací byla lokalizována v konzervované oblasti u N-konce a vedla k substitucím G16D, V17D a L18F. Mutace v jiných kmenech způsobující stejnou změnu fenotypu zkracovaly protein insercí stop kodónu za V104 nebo V107. Změny v katalytické podjednotce byly nalezeny u mutantů, u nichž byla AHAS zdánlivě aktivována valinem v podmínkách in vitro. Delece Q217 ovlivnila odlehlou šroubovici v ?-doméně, zatímco k substituci E139A došlo v konzervované smyčce poblíž aktivního centra. Pro posouzení případného vlivu mutací na asociaci holoenzymu AHAS byla měřena síla interakce mezi podjednotkami. Mutace v katalytické podjednotce, E139A a ?Q217, podobně jako mutace v regulační podjednotve G16D a V17D a zkrácení podjednotky na 107 aminokyselinových zbytků, interakci ovlivňovaly, a měly tedy pravděpodobně vliv na regiony zajišťující kontakt s odpovídající podjednotkou při allosterické regulaci. Naproti tomu nahrazení zbytku L18, jehož postranní řetězec směřuje dovnitř, nemělo vliv na sílu interakce. L18 se tedy může účastnit buď přímo vazby valinu, nebo přenosu konformační změny. Keywords: synthasa acetohydroxykyselin; allosterická inhibice; ilvN; ilvB; Streptomyces cinnamonensis; acetohydroxy acid synthase; allosteric inhibition; ilvN; ilvB; Streptomyces cinnamonensis Available in digital repository of UPOL. Regulation of branched-chain amino acid synthesis in actinomycetes

kódující velkou (katalytickou) a malou (regulační) podjednotku AHAS, a jejich regulační oblast. Žádné změny nebyly nalezeny v regulační oblasti, t.j. promotoru, ribosomálním vazebném místě, ...

KOPECKÝ, Jan; RULÍK, Martin; RULÍK, Martin
Univerzita Palackého v Olomouci, 2012

Study of factors influencing population dynamics of plant species Ligularia sibirica (L.) Cass.
HEINKEN ŠMÍDOVÁ, Anna; MÜNZBERGOVÁ, Zuzana
2012 - English Good knowledge of population biology, genetic diversity, and environmental factors is necessary for efficient conservation of rare species. For my study I chose Ligularia sibirica (L.) Cass., a critically endangered plant species protected under the EU Habitats Directive (Annex II). The main aim of the study was to estimate the genetic diversity and the main habitat conditions of the localities, and assess their importance together with population size for the population dynamics of L. sibirica in the Czech and Slovak Republic. The population dynamics was studied for four years using population transition matrices. Most of the studied populations of L. sibirica were performing well and only those growing in deteriorating habitats due to drainage showed a decreasing trend. Analyses of elasticity showed that transitions that most contribute to the population growth rate vary with habitat conditions. The genetic diversity was estimated using allozyme electrophoresis. The findings suggest that populations can retain sufficient amount of genetic variability and that most of the variability is within populations. However, the results also revealed a significant positive correlation between genetic diversity and population size. Further, the results showed that L. sibirica has the ability to grow and compete under various nutrient regimes. Populations growing in nutrient-poor habitats were performing better than populations growing in nutrient-rich habitats, even though the individuals are smaller and have lower seed production in nutrient-poor conditions. Comparing the importance of habitat conditions, population size and genetic diversity for the performance of the L. sibirica population, the habitat conditions were identified as the most important factor. The results indicate that small population sizes and low/reduced genetic diversity are not yet a major problem for Ligularia sibirica and protection of this species should focus on preserving habitat conditions of nutrient-poor sites and restoring habitat conditions of drained localities. Dobrá znalost populační biologie, genetické variability a stanovištních charakteristik je nezbytná pro efektivní ochranu vzácných druhů rostlin. Pro svou studii jsem si zvolila kriticky ohrožený druh chráněný směrnicí o stanovištích (příloha II), Ligularia sibirica (L.) Cass.. Hlavním cílem studie bylo stanovit genetickou variabilitu, hlavní stanovištní charakteristiky lokalit studovaného druhu a zhodnotit jejich význam spolu s velikostí populací pro populační dynamiku L. sibirica v České republice a na Slovensku. Populační dynamika byla studována pomocí populačních přechodových matic po dobu čtyř let. Většina sledovaných populací prospívá dobře a pouze populace rostoucí na odvodněných stanovištích mají klesající trend. Analýzy elasticity ukázaly, že přechody, které nejvíce přispívají k růstové rychlosti populací, se liší dle zachovalosti stanoviště. Genetická variabilita byla stanovena pomocí metody isoenzymů. Výsledky ukázaly, že populace L. sibirica jsou schopny uchovat dostatek genetické variability a že se většina této variability nachází uvnitř populací. Nalezena byla také pozitivní korelace mezi genetickou variabilitou a velikostí populací druhu. Výsledky dále ukázaly, že L. sibirica má schopnost růst v široké škále na živiny různě bohatých stanovištích. Populace druhu rostoucí na stanovištích chudých na živiny prosperují lépe než populace rostoucí na stanovištích bohatých na živiny, a to i přesto, že je velikost jedinců menší a mají nižší produkci semen. Nakonec jsem regresní analýzou zjistila, který ze studovaných faktorů (genetická variabilita, stanovištní podmínky nebo velikost populace) ovlivňuje vitalitu populací L. sibirica. Ukázalo se, že tímto faktorem jsou stanovištní podmínky. Výsledky ukazují, že malá velikost populace a nižší genetická variabilita prozatím nejsou hlavní problém při ochraně druhu Ligularia sibirica. Ochrana tohoto vzácného druhu by se měla zaměřit především zachování vhodných stanovištních podmínek a na obnovení stanovištních podmínek odvodněných lokalit. Keywords: Ligularia sibirica; vzácný rostlinný druh; životaschopnost populací; genetická variabilita; velikost populací; kvalita stanoviště; Ligularia sibirica; rare plant species; population viability; genetic diversity; population size; habitat quality Available in digital repository of UPOL. Study of factors influencing population dynamics of plant species Ligularia sibirica (L.) Cass.

), Ligularia sibirica (L.) Cass.. Hlavním cílem studie bylo stanovit genetickou variabilitu, hlavní stanovištní charakteristiky lokalit studovaného druhu a zhodnotit jejich význam spolu s velikostí ...

HEINKEN ŠMÍDOVÁ, Anna; MÜNZBERGOVÁ, Zuzana
Univerzita Palackého v Olomouci, 2012

Characterization of RanGTPase pathway proteins in plants
TOMAŠTÍKOVÁ, Eva; DOLEŽEL, Jaroslav
2014 - English Accurate segregation of genetic information and therefore complete set of genes to daughter nuclei is one of the key events in cell cycle. Proper timing of cell cycle events is regulated during interphase by nucleocytoplasmic transport of regulatory proteins. During mitosis, chromosome segregation is mediated by mitotic spindle, a microtubular structure present in all eukaryotic cells. RanGTPase pathway is one of the most important signaling pathways involved in the control of nucleocytoplasmic transport and mitotic spindle assembly. Although the regulators of RanGTPase pathway have been well characterized in animals, the information in plants is limited. In order to clarify these processes in plants, I have investigated new and poorly characterized proteins regulated by RanGTPase pathway in a model plant Arabidopsis thaliana. Homologue of human Ran-binding protein in microtubule-organizing center, RanBPM was identified in Arabidopsis. AtRanBPM was cloned to binary vectors and localization of the protein was analyzed using both microscopical techniques and biochemical techniques. In contrast to human homologue, AtRanBPM protein is localized in nucleus and cytoplasm of interphase cells and is depleted during mitosis. Furthermore, AtRanBPM is present in high molecular weight complexes. RanGTP was not observed among interactors of AtRanBPM. Therefore the involvement of AtRanBPM in RanGTPase pathway is unlikely and probably plays another role, most likely in regulation of protein degradation. Targeting protein for Xklp2 (TPX2) is key factor involved in mitotic spindle assembly regulated by RanGTPase pathway. AtTPX2 is localized with spindle microtubules similarly to its animal homologues; however, its exact function is unknown. To elucidate the process of microtubule nucleation in acentrosomal plant cells in more detail, AtTPX2 was overexpressed in Arabidopsis cells. In AtTPX2 overexpressing cells, the protein decorated microtubule bundles formed in the vicinity of nuclear envelope and in the nuclei. Moreover, colocalization and co-purification experiments provided an evidence for interaction of AtTPX2 and importin and Ran, respectively. This suggests that AtTPX2 is involved in chromatin-induced microtubule formation regulated by RanGTPase pathway also in acentrosomal plant cells. It was shown that AtTPX2 colocalizes with AtAurora1, Arabidopsis homologue of Aurora kinase A, in cell-cycle specific manner. Human TPX2 is an activator of Aurora kinase A, a mitotic kinase required for spindle formation and cell cycle progression. To prove whether similar regulatory mechanism exists also in plants, AtTPX2 and AtAurora1 were expressed in bacteria and purified. It was shown that AtTPX2 acts as a substrate for AtAurora1. AtTPX2 was not only the substrate, but also significantly increased autophosphorylation activity of the kinase. Moreover, the increased AtAurora1 activity resulted in increased phosphorylation of histone H3, the important downstream target of AtAurora1. Activation of AtAurora1 by AtTPX2 could be a mechanism for translation of RanGTP signaling to phosphorylation cascade performed by Aurora kinases. Altogether, our findings elucidated the process of chromatin-induced microtubule nucleation in acentrosomal plant cells regulated by AtTPX2. Furthermore, AtTPX2 was found to be the activator of AtAurora1, the mitotic kinase involved chromosome segregation and cell cycle progression. The results suggest that AtTPX2 together with AtAurora1 might be involved in proper chromosome segregation during mitosis. Taken together, our findings help to elucidate complicated and still not fully understood phenomenon of chromosome segregation and cell cycle regulation, the key events in cell life. Přesné rozdělení genetické informace a tudíž i kompletní sady genů do dceřiných buněk jsou klíčovými událostmi buněčného cyklu. Transport regulačních proteinů mezi jádrem a cytoplazmou v interfázních buňkách reguluje správné načasování jednotlivých fází buněčného cyklu. Samotná segregace chromozomů je pak zprostředkována mitotickým vřeténkem, strukturou z mikrotubulů, která se vytváří během mitózy ve všech eukaryotických buňkách. RanGTPázová dráha je jedna z nejdůležitějších regulačních drah nezbytná pro život buňky, zapojená v regulaci transportu proteinů mezi jádrem a cytoplazmou, stejně jako v tvorbě mitotického vřeténka. Komponenty RanGTPázové dráhy jsou již poměrně dobře charakterizovány u živočišných buněk, nicméně jejich znalost u rostlin je limitována. Tato dizertační práce popisuje neznámé nebo málo charakterizované proteiny RanGTPázové dráhy u modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). První protein, kterým se tato dizertační práce zabývá je protein RanBPM. Poprvé byl popsán v lidských buňkách, kde byl lokalizován v centrosomech, tj. místech zodpovědných za organizaci mikrotubulárního cytoskeletu u živočichů. Protein se podílí na procesu nukleace mikrotubulů a byla prokázána jeho interakce s regulačním proteinem Ran. Na základě podobnosti sekvencí byl charakterizován jeho homolog u Arabidopsis, AtRanBPM. Sekvence byla klonována do binárního vektoru a lokalizace proteinu byla studována pomocí biochemických technik a mikroskopie. Navzdory podobnosti s živočišným proteinem, AtRanBPM je během interfáze lokalizován v jádře a cytoplasmě, a v mitóze signál zcela mizí. Protein je součástí vysokomolekulárních proteinových komplexů, nicméně nebyla prokázána jeho interakce s proteinem Ran. Rostlinný homolog proteinu RanBPM zřejmě plní jinou roli než účast v RanGTPázové dráze, pravděpodobně regulaci degradace proteinů. Klíčovým faktorem zapojeným do tvorby mitotického vřeténka, který je regulovaný RanGTPázovou dráhu, je protein TPX2. Podobně jako jeho živočišný homolog je AtTPX2 lokalizován s mikrotubuly mitotického vřeténka, nicméně jeho přesná funkce u rostlin není známá. Pro objasnění jeho funkce v rostlinných buňkách, byl AtTPX2 nadprodukován v buňkách huseníčku, kde byl lokalizován se svazky mikrotubulů okolo jaderné membrány a jádra. Kolokalizační a kopurifikační studie prokázaly interakci AtTPX2 s importinem a také s proteinem Ran. Tato zjištění naznačují roli proteinu TPX2 v tvorbě mitotického vřeténka v blízkosti chromozomů regulovaného RanGTPázovou dráhou také u acentrozomálních rostlinných buněk. Lidský homolog TPX2 je aktivátorem Aurora kinázy A, mitotické kinázy nezbytné pro tvorbu mitotického vřeténka a průchod buněčným cyklem. Bylo prokázáno, že AtTPX2 je v průběhu buněčného cyklu lokalizován s AtAurora1, homologem Aurora kinázy A u huseníčku. Pro potvrzení přítomnosti podobného mechanismu i u rostlin byly připraveny rekombinantní proteiny AtTPX2 a AtAurora1 v bakteriích Escherichia coli. Bylo zjištěno, že AtTPX2 je fosforylován kinázou AtAurora1 in vitro. AtTPX2 významně zvyšoval autofosforylační aktivitu Aurora kinázy, která vedla ke zvýšené fosforylaci histonu H3, důležitého substrátu této kinázy. Tyto výsledky naznačují, že aktivace AtAurora1 pomocí AtTPX2 může být důležitým mechanismem pro přenos RanGTP signalizace na fosforylační kaskádu zprostředkovanou Aurora kinázami. Výsledky publikované v této práci objasňují proces nukleace mikrotubulů v blízkosti chromatinu u acentrozomálních rostlinných buněk regulovaný proteinem AtTPX2. AtTPX2 byl charakterizován jako aktivátor AtAurora1, mitotické kinázy zapojené v segregaci chromozomů a průchod buňky buněčným cyklem. AtTPX2 by tedy mohl být společně s kinázou AtAurora1 zapojen v segregaci chromozomů během mitózy. Naše výsledky pomáhají objasnit komplikovanou a stále ne plně objasněnou problematiku segregace chromozomů a regulace buněčného cyklu, klíčové procesy buněčného cyklu. Keywords: RanGTPázová dráha; buněčné jádro; mitotické vřeténko; buněčné dělení; rostlina; RanGTPase pathway; cell nucleus; mitotic spindle; cell division; plant Available in digital repository of UPOL. Characterization of RanGTPase pathway proteins in plants

Přesné rozdělení genetické informace a tudíž i kompletní sady genů do dceřiných buněk jsou klíčovými událostmi buněčného cyklu. Transport regulačních proteinů mezi jádrem a cytoplazmou v ...

TOMAŠTÍKOVÁ, Eva; DOLEŽEL, Jaroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2014

Metabolismus cytokininů zeatinového typu u jednoděložných rostlin
HLUSKA, Tomáš; GALUSZKA, Petr
2017 - English Cytokinins are plant hormones, derivatives of adenine with side chain at the N6 position. They are involved in many physiological processes. While the metabolism of trans zeatin and isopentenyladenine, that are considered to be highly active cytokinins, was extensively studied, the metabolism of minor cytokinins as cis zeatin, dihydrozeatin and aromatic cytokinins is largely neglected. Here we used maize developing seed as model to study interconversions of cytokinins, mainly zeatins. Instead of zeatin reductase, we have detected novel enzymatic activity converting trans zeatin to 6 (3 methylpyrrol 1 yl)purine. The enzyme was not identified due to its instability. On the other hand, we have identified the causative enzyme of zeatin cis trans isomerization as nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase. Activity of the enzyme was confirmed; it prefers FAD and other dinucleotides as substrates. We proposed several functions for the enzyme in planta. Further, two novel hypotheses concerning cytokinin metabolism and physiology are presented. The first explains prevalence of cis zeatin, a purportedly inactive cytokinin, in certain species. The second one proposes a two speed cytokinin system. Cytokininy jsou rostlinné hormony, deriváty adeninu s postranním řetězcem v N6 poloze. Ovlivňují mnoho fyziologických procesů. Zatímco metabolismus trans zeatinu a isopentenyladeninu, které jsou považovány za vysoce aktivní cytokininy, byl extenzivně studován, metabolismus dalších, jako cis zeatin, dihydrozeatin, či aromatické cytokininy je opomíjen. V této práci jsme použili jako model pro studium metabolických přeměn cytokininů, hlavně zeatinů, vyvíjející se kukuřičné zrno. Místo zeatin reduktasy jsme však zjistili novou enzymatickou aktivitu přeměňující trans zeatin na 6 (3 methylpyrrol 1 yl)purin. Enzym se však nepodařilo identifikovat kvůli jeho nestabilitě. Zato se nám podařilo identifikovat enzym odpovědný za cis trans isomeraci zeatinů jako nukleotidpyrofosfatasu/fosfodiesterasu. Potvrdili jsme jeho aktivitu; za substráty preferuje FAD a jiné dinukleotidy. Navrhli jsme několik jeho funkcí in planta. Dále jsme navrhli dvě nové hypotézy týkající se metabolismu a fyziologie cytokininů. První vysvětluje převahu údajně neaktivního cis zeatinu v některých rostlinách. Druhá navrhuje dvourychlostní cytokininový systém. Keywords: anticytokininy; cis zeatin; cytokininy; enzymologie; flaviny; isomerace; kukuřice; metabolismus; nukleotidpyro-fosfatasa/fosfodiesterasa; semena; vývoj semene; zeatin cistrans isomerasa; zeatiny; Anticytokinins; cis-Zeatin; Cytokinins; Flavins; Isomerization; Kernels; Maize; Metabolism; Nucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase; Seed Development; Zeatin cis trans Isomerase; Zeatins Available in digital repository of UPOL. Metabolismus cytokininů zeatinového typu u jednoděložných rostlin

Cytokininy jsou rostlinné hormony, deriváty adeninu s postranním řetězcem v N6 poloze. Ovlivňují mnoho fyziologických procesů. Zatímco metabolismus trans zeatinu a isopentenyladeninu, které ...

HLUSKA, Tomáš; GALUSZKA, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017