Genome stability of human induced pluripotent stem cells
ŘEHÁKOVÁ, Daniela
2018 - anglický Lidské indukované pluripotentní kmenové buňky (hiPSCs) nabízejí využití v regenerativní medicíně i modelování onemocnění. Je ovšem podstatné, aby jejich genom zůstal nezměněn a jejich mechanismy opravy DNA byly funkční. V této práci se soustředím na detekci dvouřetězcových zlomů DNA (DSBs) pomocí fosforylovaného histonu H2AX a proteinu 53BP1, a to v několika liniích hiPSCs, jejich zdrojových buňkách, lidských embryonálních kmenových buňkách a buňkách diferencovaných z hiPSCs. sledovala jsem spontánně vytvořené DSB během procesů reprogramace, dlouhodobé kultivace a diferenciace. Pro porovnání reparační kapacity jsem vyvolala poškození pomocí gamma záření a sledovala snížení množství zlomů v čase. Množství ohnisek tvořených sledovanými proteiny bylo sledováno pomocí fluorescenční mikroskopie odděleně pro G1 a S/G2 fázi buněčného cyklu. Zdrojové buňky obsahovaly nízké množství DSBs nesouvisejících s replikací, jejich počet se zvýšil po reprogramaci do hiPSCs a snížil s dlouhodobou kultivací či diferenciácí. Indukce zlomů odhalila, že replikační mechanismy fungují dobře ve zdrojových buňkách a hiPSCs o nízké pasáži, ovšem částečně selhává u hiPSCs ve vysoké pasáži. Tato pozorování naznačují, že buněčné přeprogramování zvýší množství DSBs, ovšem reparační mechanismy fungují. Dlouhodobou kultivací se však schopnost opravovat DSBs snižuje. Human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) play roles in both disease modeling and regenerative medicine. It is critical that the genomic integrity of the cells remains intact and that the DNA repair systems are fully functional. I focused on the detection of DNA double-strand breaks (DSBs) by phosphorylated histone H2AX (known as H2AX) and p53-binding protein 1 (53BP1) in multiple lines of hiPSCs, their source cells, human embryonic stem cells (hESCs) and cells differentiated from hiPSCs. I measured spontaneously occurring DSBs throughout the process of reprogramming and during long-term in vitro culture and differentiation process. To assess the variations in the functionality of the DNA repair system among the samples, the number of DSBs induced by gamma irradiation and the decrease over time was analyzed. The foci number was detected by fluorescence microscopy separately for the G1 and S/G2 cell cycle phases. Source cells contained a low number of non-replication-related foci, while this number increased after reprogramming into hiPSCs and then decreased again after long-term in vitro passaging or differentiation. The artificial induction of DSBs revealed that the repair mechanisms function well in the source cells and hiPSCs at low passages but fail to recognize a substantial proportion of DSBs at high passages. Observations suggest that cellular reprogramming increases the DSB number but that the repair mechanism functions well. However, with long-term hipSCs culture reparation capacity decreases. Klíčová slova: iPSCs; kmenové buňky; dvouřetězové zlomy; dlouhodobá kultivace; H2AX Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Genome stability of human induced pluripotent stem cells

Lidské indukované pluripotentní kmenové buňky (hiPSCs) nabízejí využití v regenerativní medicíně i modelování onemocnění. Je ovšem podstatné, aby jejich genom zůstal nezměněn a jejich mechanismy ...

ŘEHÁKOVÁ, Daniela
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Telomeric DNA sequences in beetle taxa vary with species richness
PRUŠÁKOVÁ, Daniela
2022 - anglický (TTAGG)n je běžnou telomerickou sekvencí u hmyzu, ale není univerzální, což platí zejména u brouků. Tato studie ukazuje, že tato sekvence byla opakovaně ztracena a nahrazena buďto dvěma známými alternativními telomerickými sekvencemi, (TCAGG)n a (TTAGGG)n, nebo zcela jinými neznámými alternativami. Sekvence (TTGGG)n nalezená v jednom taxonu brouků byla navržena jako nová kandidátní sekvence. Telomerické motivy u mnoha dalších druhů brouků však zůstávají neobjevené. Celkově naše rozsáhlé mapování telomerických motivů ukázalo, že diverzita pozitivně koreluje s druhovou bohatostí taxonů bez ohledu na stáří taxonů. (TTAGG)n sequence is an ancestral common telomere motif in insects, yet not ubiquitous, especially in beetle lineage. This study indicates that this sequence has been repeatedly lost and replaced by two known alternative telomeric motifs, the (TCAGG)n and (TTAGGG)n, or other unknown alternatives. (TTGGG)n found in one taxa has been proposed as a novel candidate sequence. However, telomeric motifs in many other beetle species remain still undiscovered. Taken together, our extensive mapping of telomeric motifs showed that the diversity is positively related to the species richness of taxa, regardless of the age of the taxa. Klíčová slova: coleoptera; beetles; telomeres; diversity Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Telomeric DNA sequences in beetle taxa vary with species richness

(TTAGG)n je běžnou telomerickou sekvencí u hmyzu, ale není univerzální, což platí zejména u brouků. Tato studie ukazuje, že tato sekvence byla opakovaně ztracena a nahrazena buďto dvěma známými ...

PRUŠÁKOVÁ, Daniela
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Fylogeografické zhodnocení hraboše východoevropské s ohledem k východokazašskému výskytu
VOLFOVÁ, Tereza
2019 - anglický The Eastern European vole (Microtus mystacinus) is an arvicoline rodent distributed across northern and eastern Europe, the Balkans, Turkey, Armenia, NW and N Iran, Russia as far east as the Tobol River in W Siberia, and W and N Kazakhstan. We present a novel records from eastern Kazakhstan (the village of Dzhambul - 49 14 21.3N, 86 18 29.9E and the village of Sekisovka - 50 21 9.18N, 82 35 46.5E) based on mtDNA and we discuss implications of this findings on biogeography of eastern Kazakhstanpopulations. Marine Isotope Stage 11 is considered an important period for the diversification of the arvalis species group. In the context of our study, it is important to analyse genetically discontinuous Siberian populations, and the current distribution of M. mystacinus in new localities in eastern Kazakhstan. Klíčová slova: Microtus mystacinus; Kazakhstan Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Fylogeografické zhodnocení hraboše východoevropské s ohledem k východokazašskému výskytu

The Eastern European vole (Microtus mystacinus) is an arvicoline rodent distributed across northern and eastern Europe, the Balkans, Turkey, Armenia, NW and N Iran, Russia as far east as the Tobol ...

VOLFOVÁ, Tereza
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2019

Water content components, desiccation and recovery in \kur{Sphagnum} mosses
HÁJEK, Tomáš
2008 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Water content components, desiccation and recovery in \kur{Sphagnum} mosses

HÁJEK, Tomáš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2008

Direct detection of digestive enzymes in planktonic rotifers using enzyme-labelled fluorescence (ELF)
ŠTROJSOVÁ, Martina
2008 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Direct detection of digestive enzymes in planktonic rotifers using enzyme-labelled fluorescence (ELF)

ŠTROJSOVÁ, Martina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2008

Cytoskelet vazebné velké RNP komplexy u samčího gametofytu tabáku (EPPs) jsou asociované s ribosomy a účastní se syntézy proteinů, jejich zpracování a lokalizaci
REŇÁK, David
2011 - anglický Předkládaná práce se zabývá studiem složení a funkce skladovaných ribonukleoproteinových částic (EPPs) u samčího gametofytu tabáku. EPP částice slouží jako dlouhodobá zásoba mnoha druhů mRNA molekul, ribosomů, cytoskeletálních proteinů a dalších komponent. Ty jsou syntetizovány během zrání pylu, udržovány v netranslatovaném stavu a postupně využívány v proteosyntéze v progamické fázi k podpoře rychlého růstu pylových láček. In the presented work the composition and function of stored ribonucleo-protein particles (EPPs) in tobacco male gametophyte was studied. EPP particles serve as a long-term store of various mRNA molecules, ribosomal and cytoskeletal proteins and other components. They are synthesized during the pollen maturation, kept untranlated and gradually used in proteosynthesis in progamic phase to support the rapid pollen tube growth. Klíčová slova: Ribonukleoproteinové částice; translační regulace; pyl; samčí gametofyt; ribosomy; mRNA; cytoskelet Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Cytoskelet vazebné velké RNP komplexy u samčího gametofytu tabáku (EPPs) jsou asociované s ribosomy a účastní se syntézy proteinů, jejich zpracování a lokalizaci

Předkládaná práce se zabývá studiem složení a funkce skladovaných ribonukleoproteinových částic (EPPs) u samčího gametofytu tabáku. EPP částice slouží jako dlouhodobá zásoba mnoha druhů mRNA molekul, ...

REŇÁK, David
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2011

\kur{Daphnia galeata} in the deep hypolimnion: spatial differentiation of a "typical epilimnetic" species
KOLÁŘOVÁ, Kateřina
2008 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. \kur{Daphnia galeata} in the deep hypolimnion: spatial differentiation of a "typical epilimnetic" species

KOLÁŘOVÁ, Kateřina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2008

Diverse archaeal community of bat guano heap in Domica cave (Slovak Karst, Slovakia)
CHROŇÁKOVÁ, Alica
2009 - český Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Diverse archaeal community of bat guano heap in Domica cave (Slovak Karst, Slovakia)

CHROŇÁKOVÁ, Alica
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2009

Nitrogen transformations and pools in N-saturated mountain spruce forest soils
TAHOVSKÁ, Karolina
2012 - anglický The size and the relative importance of the main soil N pools (microbial biomass N, NH4+, NO3-, DON) in N saturated mountain forest soils (The Bohemian Forest, Czech Republic) were assessed. Moreover, the influence of temperature on the net processes of microbial N transformation in soil (N mineralization, nitrification, N immobilization) was determined. Klíčová slova: microbial N immobilization; net nitrification; net mineralization; ammonification; N pools; forest soil; N saturation; temperature Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Nitrogen transformations and pools in N-saturated mountain spruce forest soils

The size and the relative importance of the main soil N pools (microbial biomass N, NH4+, NO3-, DON) in N saturated mountain forest soils (The Bohemian Forest, Czech Republic) were assessed. Moreover, ...

TAHOVSKÁ, Karolina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2012

Lazy ecologist's guide to water beetle diversity: Which sampling methods are the best?
KLEČKA, Jan
2012 - anglický Srovnali jsme selektivitu a účinnost čtyř metod běžně používaných ke sběru vodního hmyzu - pasti na principu vrše, krabicovou past, sběr síťkou a světelný lapač - s využitím velkého souboru dat o vodních broucích. Navrhli jsme používat časovou náročnost pro srovnání účinnosti, protože je použitelná pro jakoukoliv metodu. Výsledky se liší od srovnání založeného na vzorcích nebo jedincích, protože ne všechny metody jsou stejně náročné a stejně výnosné. Zjistili jsme, že většina rozdílů mezi metodami vychází z jejich velikostní selektivity. Také jsme identifikovali nejlepší protokol pro rychlé posouzení biodiverzity pomocí simulací krátkých průzkumů z našich dat abychom povzbudili vývoj efektivních postupů. Kombinace pastí na principu vrše a krabicové pasti poskytla nejvíce druhů, nicméně tyto rychlé průzkumy nezachytily v průměru více než 40% všech druhů v naší studii. Naše výsledky tedy ukazují, že dlouhodobé studie s využitím více metod jsou nezbytné pro měření diverzity v druhově bohatých sladkovodních biotopech. We compared the selectivity and efficiency of four methods commonly used to collect aquatic insects - activity traps, box trap, handnetting and light trap - using a large dataset on water beetles. We proposed to use time investment as a natural basis to compare efficiency, since it applies to any method. The results inherently differ from results based on samples or individuals because methods are neither equally demanding nor equally rewarding. We found that most differences between methods arise from their size selectivity. To boost the development of cost-effective protocols, we also identify the best designs for rapid bioassesment by simulating short surveys from the data. Combinations of activity traps and box trap give most species; however, these rapid surveys miss on average more than 40% of all species in our study. Our results therefore emphasize that long-term studies using multiple methods are vital for measuring diversity in species-rich freshwater habitats. Klíčová slova: vodní hmyz; biodiverzita; vzorkování Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Lazy ecologist's guide to water beetle diversity: Which sampling methods are the best?

Srovnali jsme selektivitu a účinnost čtyř metod běžně používaných ke sběru vodního hmyzu - pasti na principu vrše, krabicovou past, sběr síťkou a světelný lapač - s využitím velkého souboru dat o ...

KLEČKA, Jan
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2012